加入暗部，不仅仅意味着要隐匿身份与功勋，一心一意为火影办事，更意味着没有了秘密，过往、人际、能力，甚至与血继限界，都会被保存、研究。
暗部也从来不是什么建功立业的地方，他集合了忍村的暗与恶，旗木新雨作为一个身怀忍界从未出现过的“血继限界”的忍者，加入暗部，以为着他的死气之炎会被其他人研究，甚至尝试复制与实验。
旗木新雨明白这一切，但他还是义无反顾的加入了，如果不加入，他很可能会死在某一次任务中，卡卡西也是如此，最后舆论会再度逼死旗木朔茂。
风险与收益，是旗木新雨做每一件事情的驱动力，对比之下，他选择了加入暗部，成为一名“忠诚”的木叶忍者。
在前往暗部报道的前一天，旗木新雨来到了木叶医院，这里有几个病人，是他除去家人与老师外，最为熟悉的几个人。
同桌海野伊鲁卡，和他组合成恶霸三人组的神月出云和钢子铁，他们都在九尾之夜中，或轻或重的受到了生理或心理上的创伤。
因此在忍者学校再次开学之前，他们都会留在木叶医院，接受治疗与观察，旗木新雨来这里的目的，主要是给自己排忧解难。
他在木叶村，能说得上话的人不多，只有这几个远离了木叶高层的同学，能陪他说说话。
旗木新雨不知道，他的探望对于其他人来说有多重要，尤其是伊鲁卡，这个在九尾之夜中丧失了父母的少年，陷入了无尽的痛苦。
邻居们也都死了，或者成为了同在木叶医院的病友，没有人会关注到他这个天赋平平的忍者学校的学生。
告别了这几人，旗木新雨回到家就想要休息，但是卡卡西却难得的在房间中等他回来，卡卡西跟他说的话很简单，只是加入暗部的注意事项。
但旗木新雨能感觉的到，卡卡西内心的愧疚，旗木朔茂倒是没说什么，只是旗木新雨第二天准备出门报道的时候，发现旗木朔茂给自己整理好的衣服上面，放着一个护身符。
旗木新雨无奈的笑了，二战结束前的旗木朔茂，可是不可能信这些的，只是十年的时间，就让这个名噪一时的木叶白牙，变得多愁善感。
灰色马甲、忍刀、夜叉面具，这是旗木新雨加入暗部之后的第一笔收入，随后就是付出，能力登记，血液采样，对老成员的笔试。
由于是直属部队，猿飞日斩也来看着旗木新雨的考核，结果让他很满意，冷血、果决、听从命令，标准的暗部苗子。
一整年，旗木新雨不是在杀人，就是在杀人的路上，对于旗木新雨这一柄尖刀，猿飞日斩没理由会浪费在情报探查和护卫上面。
斩首、突袭、刺杀，才是旗木新雨该做的事情，旗木新雨也做得十分出色。
加入暗部一周年，旗木新雨被秘密授予了特别上忍的职称，从原先暗部小队脱离，开始建立自己的忍者小队。
第一个成员，名字叫天藏，据他自己所说，他以前的名字叫甲。天藏加入之后，旗木新雨也不再向猿飞日斩要求新增队员。
两人一人负责刺探、情报收集、后勤管理，一人负责出手执行，在一次任务中，天藏甚至找到了自己的“真爱”。