高迎祥前往汉中，在半路得到消息，明军大将左良玉正在汉中一带剿杀流寇太平王、靖天下、瓦背王、爬天王、紫微星等部。既然都是自己人，高迎祥当然要帮上一把，他分兵两路，主力大军走大路进到汉中，另外一路抄小路而行，长途奔袭，翻越险山牛背岭，突袭左良玉部。
左良玉没有防备，被打了个措手不及，尤其是高迎祥的部队，经过战争的洗礼，战斗力比之以往，强上许多，直杀了左良玉部是大败溃逃，死伤惨重。
高迎祥与汉中各营流寇汇合之后，决定攻取长安，再次演一出轰动天下的大戏。按理说兵出斜谷和子午谷取长安最快，但高迎祥并没有如此，而是兵发陈仓，一路追着左良玉的败军前进。
川陕总督孙传庭得到消息，立刻组织兵马，但他没有想到来的甚快，而且兵马有十余万众，小心起见，孙传庭没敢硬拼，而是采取诱敌之策，命官军主动前去交战，然后一触即溃，朝奔长安不远的周至县奔逃。
流寇连番取胜，士气大振，更加不管不顾，是穷追猛打。这一向是流寇的作风，当然，大家对闯王也是更加崇拜。
周至县附近，有一个地方叫做黑水峪，孙传庭伏兵在此，以逸待劳，但即便如此，他的兵马也只是流寇兵马的一半。高迎祥等流寇大军果然追到黑水峪，孙传庭见他进入包围圈，那还客气什么，号令三军，是呼啸而出，攻击流寇。
这要是高迎祥的部队单独被围，倒还好说，以他部队的战斗力，起码不至于吃太大的亏，或许还能抵挡。可惜，这人太多了，也不是好事，其他营的流寇，一见四面八方都是官兵，登时就崩溃了，毫无战意，一心只想逃跑。于是乎，整个流寇大军变的是混乱无比，哪里还能敌得过官军。
双方激战一天一夜，流寇死伤无数，不过双方都有些累了，流寇向内收缩，官军向外后退，整军休息。次曰再战，流寇更是不济，关键时刻，高迎祥的部下铁公鸡张二，一斗谷黄龙叛变，率领部下，刺杀高迎祥。流寇中军一乱，更是难以抵挡，彻底溃败。混乱之中，高迎祥的马被刺死，想要夺路而逃，又哪里能冲去官兵的重重包围，无奈之下，只好脱下铠甲，藏身于草丛之中。
官兵取胜之后，全力搜查，发现高迎祥。高迎祥武功虽高，怎奈官兵太后，力战被擒。
擒获闯王高迎祥，官兵士气大振，从而弥补了曹文诏的死对士气的影响。捉到活的高迎祥，孙传庭大喜，派人将高迎祥押解京师，由朝廷发落。
高迎祥早已做好死的准备，自己挖了老朱家的祖坟，这要是进到京城，不被千刀万剐，才出鬼了。
事实和他想的一样，被押入京师之后，岳大人岂能对他客气了，下令凌迟处死，鞭尸三曰。可以说，就高迎祥的罪名，岳大人想发落轻了也不可能，太后都不能答应。
杀了高迎祥，张嫣才算送了口气，带着小皇帝到太庙祭祖，算是告慰祖宗之灵吧。有了这份战果，张嫣对岳肃是坚信不疑，看来三年之内肃清流寇，也不是不可能。
可事情并没有张嫣想的那么简单，高迎祥死后，流寇公推李自成为闯王，继续干着造反的事业。
李自成自逼死曹文诏后，率军在四川大闹起来，战昭化、破绵州、夺剑阁，是屡战屡胜，击杀总兵侯国柱，声势极为旺盛。
另外一路，与李自成齐名的张献忠在河南四处流窜，巡抚熊文灿一看打不过张献忠，干脆派人前去说降，希望张献忠能够受朝廷招安。张献忠觉得这么大，实在不是个事，决定先接受招安，伺机而动。双方经过一番讨价还价，熊文灿给了张献忠副将的职位，驻军王家河太平镇。
张献忠虽然领了朝廷官职，却不为朝廷出力，只是在太平镇休兵，不时地管熊文灿要粮饷。
虽然他不出力，但有人出力，该说不说，熊文灿做思想工作还是很有一套的。他继招安张献忠之后，又招抚了闯塌天刘国能，这刘国能，以前在流寇里面，也没有多大本事，可自从成了官军，仿佛变了一个人，是骁勇善战，在河南与四川边界，与秦良玉会师，共剿流寇李万庆部，生擒李万庆，迫李万庆归降。
这刘国能，以前裹挟百姓是出了名的，可现在，对百姓竟然秋毫不犯，在百姓之中，名声甚好。如此一来，其他流寇是恨透了刘国能。
没过多久，罗汝才也受招安了，但这小子和张献忠一样，也是挂着名头，并不出力。