孙元化略一思索，说：“你先派一百人进城，如何。”
此时，站在孙元化身边的登莱守备宋光兰悄声说：“大人，这孔友德乃昔日辽东矿徒，无赖奸猾，小心上当。”
无奈，孙元化招抚心切，闻言立即反驳道：“区区一百人进城，就是诈降，又能如何？”
“大人，让孔友德带领这一百人进城，万一有变，先杀了他。”
孙元化一瞪眼，硬声说：“你这不是玩火自焚吗？糊涂。”
当下，孙元化不再理会宋光兰诸人，令兵士打开城门，放一百叛兵进城，又令宋光兰设宴款待，自己也好言抚慰，极尽笼络之能事。
不料，当夜三更时分，这一百叛军在李九成带领之下，趁众人熟睡之机，四处放火烧城，杀死守城兵士，打开城门，里应外合，放孔友德等人进城，到天亮之时，登州就被叛军全部占领，孙元化宋光兰等一干明廷官员也都作了叛军俘虏。只有登莱总兵张可大坚守水城数日，终因寡不敌众，水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽于太平楼。孙元化不久逃回天津，被明廷处死，余大成也被罢免。
对于任何处理孔友德叛乱事件，明廷朝堂及地方督抚意见分歧，相互制肘，久拖不决，从而延误了最佳处置时间，坐失良机，从而使此次叛乱越闹越烈。
1632年二月，孔有德率军围攻莱州，明朝总兵吴襄率军克招远、黄县，解莱州之围。孔友德见势不妙，急忙撤回登州。九月，明军将孔有德叛军紧紧围困于登州城中。十月，明军开始攻城，战斗进行得十分激烈，明副总兵丁思侯、裨将程仲文、祖邦楼在攻城中先后战死，叛军主要将领李九成也被明军炮火击毙。孔有德见登州难保，率叛军近万人突围，弃城登船而逃。驻守在旅顺、长山、鹿岛的明朝总兵黄龙，已预知叛军去向，派兵严阵以待。孔有德部在旅顺一带登陆后，黄龙率兵伏击，擒获孔有德部将毛有顺毛承福等人，大败叛军。孔有德、耿仲明等率余部逃到盖州，于崇祯六年即1633年四月，投靠大清皇太极，登莱之乱遂告结束。
登莱之乱前后长达二年之久，波及2府10余县。孔有德叛军攻城略地，烧杀劫掠，给胶东地区社会经济和人民生命财产造成了严重损失。明朝平叛，调动京城一带数万军队，耗费大量的人力物力，既削弱了边防力量，又加剧了财政危机。更为严重的是，明军未能彻底消灭孔有德叛军，让其逃奔辽东投靠清军。孔有德叛军中多是辽东人，对辽东半岛地理熟悉，旧部尚多，有一定的影响力。他们投清后，给明军辽东半岛南端至山东半岛的防御造成极大威胁。
孔有德降清不久，就勾引清军南下，攻克旅顺，控制了整个辽东半岛。崇祯九年到十年即年，他们又充当了清军的急先锋，带领15万清军攻打朝鲜，迫使朝鲜投降清朝，使明朝失去了可靠的邻国和在东面牵制清军南下的重要力量。朝鲜投降不久，孔有德、耿仲明、尚可喜等原辽东叛将又引领清军占领了皮岛，彻底摧毁了这一严重威胁大清后方安全的明朝军事基地，此后，清军南侵而再无后顾之忧。
至此，辽东半岛及沿海岛屿尽失，清军自海路南下的门户洞开，山东沿海已成为防清的最前线。辽东半岛的丧失，与谙水战习地利的孔友德叛军有着极大的关系。为褒奖孔有德等人的功绩，清廷封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜智顺王，其余将领皆有不同封赏。