正月二十七日，文华殿，朱由检召集阁臣、九卿，以及三法司和太常寺相关官员，处理钱千秋案。
这件案子是温体仁重新提起的，朱由检首先询问他：
“温卿参钱谦益受钱千秋贿赂，以‘一朝平步上青天’为关节，犯下科场舞弊之罪。”
“这件事可有实据吗？”
温体仁毫不犹豫地道：
“臣参钱谦益的罪名，字字都是实的。”
朱由检继续问道：
“钱千秋案刑部已经结案，难道还有疑问吗？”
温体仁反驳结案一说，回道：
“刑部将金保玄、徐时敏问罪，钱千秋却逃了，并不曾到官，此案怎算了结？”
朱由检闻言点头，认可这个说法。涉案的主犯逃了，当然不能说结案。
所以他转向钱谦益，询问道：
“温体仁参卿受钱千秋贿赂，以‘一朝平步上青天’为关节，可是真的么？”
钱谦益当然不承认这件事，急忙辩解道：
“臣于天启元年典试浙中，一时号称得人，初不闻有钱千秋之事。”
“到京复命之后，才知道钱千秋一事，当即上疏参他，现有奏案在刑部。”
朱由检听到回复还没有说什么，温体仁径自插话，语气咄咄逼人，责问钱谦益道：
“钱千秋逃了，徐时敏、金保玄是中间人，在刑部亲口说和钱谦益有关，这件事如何赖得过？”
钱谦益继续辩解，回道：
“臣不敢多辩，现有卷案在刑部。”
“钱千秋试卷原是真定府推官郑履祥取的上卷。臣为总裁，不能遍阅，只看他七篇文字，又看他后场也通，不曾看到结尾七字。一时疏略之罪，臣不能辞。”
只承认失察之罪，想要把这件事糊弄过去。
朱由检对此当然不满意，询问苏茂相道：
“对于钱千秋案，刑部有什么话说？”
刑部尚书苏茂相回道：
“此案是在天启二年审判，臣当时尚未到刑部，不曾见过案卷。”
“如今刑部审判职权移交大理寺，案卷也在移交，一时难以把案卷找出来。”
朱由检暗暗点头，觉得苏茂相识趣，看出自己是想借这个案子发挥，所以没有把案卷拿出来——
否则案子定了，朝堂上还有什么好争的，自己还用什么拿捏钱谦益？
所以他没有责怪苏茂相连个案卷都找不到，说道：
“移交案卷是大事，这件事一定要办好。”
“大理寺要建立专门的档案室，分门别类编号，存储好这些案卷。”
“以后所有案卷要分密级，供不同级别的人查阅。”
“除了永不解密的，其它案卷根据密级划分，在十到三十年内解密，允许公众查看。如果将来印刷技术成熟，可公开印刷出版。”
“所以大理寺的断案要慎重，要经得起时间检验。”
“刑部和都察院要做好监督，不要让大理寺和地方衙门胡乱断案。”
告戒了三法司一通，朱由检继续说钱谦益的事情，询问群臣道：
“你们说钱千秋的案子，算是结案了吗？”
温体仁把案子重新提出来，当然不承认已经结案，一口咬定道：
“钱千秋不曾到官，当然不算结案。”
钱谦益否认这种说法，认为已经结案：
“钱千秋其实到官，臣岂敢欺皇上。”
两人各执一词，又没有案卷作证，朱由检无法分辨谁对谁错，询问阁臣道：
“你们说钱千秋案结案了吗？”
阁臣中现在没有一个东林党，当然不会偏向钱谦益，反而对这个回到朝中便兴风作浪的东林党人有些不满，没有人为他说话。所以他们敷衍道：
“案卷找出来后，这件事就明白了。”
意思是把这件事推后，留待以后再说。
朱由检也是这个意思，想要用这个案件牵住钱谦益，避免刚回到朝堂的官员以他为首，反对自己在年前定下的政策。所以他询问其他臣子道：
“卿等还有意见吗？”
群臣大多没有意见，唯有太常寺卿李标，作为钱谦益的上级，不得不为他辩解两句，说道：
“科场舞弊之事，实与钱谦益无干。”
朱由检对李标这个太常寺卿还算尊重，认真解释道：
“朕也希望无关，否则浙江的举人秀才，就要闹起来了。”
“为了明正视听，朕决定让大理寺重审此案。将此事查得清清白白，以免世人误解。”
又向钱谦益道：
“钱少卿，朕不是要针对你，而是乡试的事情太大，必须有个说法。”
“你也不想背着嫌疑，以后被人在后面指指点点吧？”
钱谦益想说这件案子已经结了，根本不用再审。但是又知道既然被温体仁提起来了，就必须有个结论——
否则他就要一直背着嫌疑，让人以为他参与了钱千秋科场舞弊案。
所以对皇帝的说法，他只能承认，说道：
“臣无能，在乡试时失察，以致犯下过失。”
“请陛下责罚！”
朱由检见他认罚，对此微微点头。他既然启用钱谦益，就没想过把这个人重新赶回去，回家乡培植影响力。所以他下令道：
“你的过失是有的，先罚俸三月、闭门思过三月，检讨自己的过失。”
“三个月后，钱千秋案的究竟，应该审出来了。”
“要不要继续处罚，由审判结果决定。”