在任命李养正担任长江巡阅使后，朱由检为了保证他在长江上收到税，决定给他一支兵马。
想着南京的提督操江，说道：
“提督操江一职，设有文武两员。”
“今后文操江之兵，改为长江巡阅府管辖。”
“南直隶以西江防，归长江巡阅府负责。”
文官提督操江，之前由刘志选担任。刘志选是阉党核心人员之一，因为动摇中宫，已经被朱由检定了死罪。他的提督操江一职，自然无法担任。
但是这个职位朱由检一直没有增补，为的是让武操江掌握江防。
如今设立长江巡阅府，朱由检将文操江的兵马，改为巡阅府负责。
把南直隶一段长江的防御，完全交给了武操江。
这个决定，在朝堂上引起的反弹很大。因为谁都知道，长江的江防数南直隶最重要。提督操江只有在南京，才有强大的影响力。
如今皇帝把文操江的兵马转到长江巡阅府，相当于事实上撤了文操江一职，朝堂上的文官自然很不满意。
所以很快就有文官指出，武操江怀宁侯孙承荫扣克镇江班军盐菜银，各军呼噪。江南的官员对此多有耳闻，希望皇帝慎重，要任命文官操江。
朱由检听到怀宁侯这么不堪，眉头微微皱起。他是实在没有想到，自己想重用武操江的当口，勋贵这么不争气。
虽然不至于因为这些风闻就把怀宁侯问罪，朱由检心里却对这个人颇不满意，询问道：
“怀宁侯什么时候担任的提督操江？”
“到现在已经几年了？”
兵部尚书袁可立道：
“怀宁侯孙承荫是天启二年十一月提督操江，到今年将近六年了。”朱由检当即借题发挥，说道：
“武官五年一任，怀宁侯担任了五年多的提督操江，如今也该换了。”
“让他回京述职，勋贵之中，有谁愿意担任提督操江？”
参加常朝的勋贵，顿时跃跃欲试。
在常朝举办这么长时间后，最初对参加常朝很积极的勋贵，到现在已经变得很少了。仍旧坚持着参加常朝的，都有一定的政治野心。
诚意伯家族因为和东林党不睦，在东林党被解除党禁、开始起复的现在，刘孔昭一直坚持参加朝会。此时听到皇帝询问，他当即就自荐道：
“臣愿前往南京，为陛下整顿江防。”
还有几个勋贵，同样想担任此职。
朱由检对刘孔昭整顿江防的说法很是满意，再加上温体仁为他说话，当即就任命道：
“诚意伯刘孔昭，接任提督操江，任期暂定五年。”
“江防如何整顿，要有什么成效，写个奏疏上来！”
让他按督抚的施政纲要，写个整顿江防措施。以后检阅的时候，就按他奏疏上写的来。
刘孔昭欣喜领命，对自己和温体仁交好的做法，心里颇是得意。
之前他正是听说温体仁和东林党闹翻，所以走动了一下。如今在朝堂上，就发挥了作用。
不过能不能坐稳这个位置，还要看奏疏写得如何。到了南京也多少要做点样子，整顿一下江防。
群臣听到皇帝换了一位勋贵担任武操江，就是不说文操江的事情，这时也有些急了。袁可立道：
“提督操江一职，事关南京江防。”“陛下之前在设置提督时，同时设立护军使。”
“臣以为当设护军使，辅佐提督操江。”
这个说法，有点打动了朱由检。之前他设立护军使，为的就是协调军队和地方关系、保护监督军队。
提督操江一职，关系南京的安危，确实不能完全交给勋贵，也不能让一个人掌管。
否则刘孔昭像孙承荫那样贪污军饷，就不合自己的本意了。
所以他思索之后，说道：
“提督操江一职，以后改为长江水师提督，简称长江提督。”
“长江巡阅使兼有护军使职责，有监督保护长江水师的责任。”
“以后长江上的兵马，皆归长江水师。”
把以前分属文操江和武操江的兵马合在一起，成为长江水师。
这样长江提督和长江巡阅使，就成为新的长江水师负责人。
对此袁可立能够接受，其他文官对提督和护军使的设置不太明白，再加上巡阅使的衙署在九江和武昌，可能很少去南京。对南京的长江水师，可能谈不上监护。
所以太仆寺卿秦士文道：
“长江如此之长，提督和巡阅使又不在一个地方，如何一起承担长江水师职责？”
“臣以为可将长江分段，再像驿站一样，在各段设立兵站。”
朱由检对此颇为赞许，说道：
“具体如何分段，诚意伯和李巡江一起划分。”
“原则上长江提督负责下游，长江巡阅使负责中上游。”“长江巡阅使之下，再设一专门的护军都尉常驻南京，执行护军职责。”
“中上游的兵马，同样要设置将领，作为长江提督下属。”
把长江上的兵马，仍旧是主要分成两部份：下游的南直隶段水师，中上游的长江巡阅府水师。
两部分又相互交叉，长江提督和巡阅使皆有权插手。
这样分别制衡，又各有侧重，文官都感到满意了，诚意伯刘孔昭也觉得不错。
因为这样一来，他就能插手长江中上游的兵马了，甚至能通过这支兵马，插手长江巡阅府。
这时朱由检又嘱咐他道：
“长江水师一定要严加操练，并且整顿战船等武器。”
“长江航道疏通后，沿途可能会出现水匪，长江水师要加强打击。”
“同时要防止走私，对沿江运货的船只，可随时进行抽检。”
“一旦发现漏税，可以让随行的税务司官员罚款。并且记录船主姓名和船号，给予警告处分。”
“警告次数多了，可以发放禁令，禁止其在长江上通行。”
对长江水师的设置，朱由检主要还是为了收税。同时有用税款养一支水师，为以后做准备的意思——
毕竟北方的灾害实在太严重，如果以后在北方待不下去，他可能会到南京去。那么长江水师，自然要加强建设。
刘孔昭听到长江水师有剿匪缉私的职权，顿时觉得自己之前的想法是对的，自己可以通过长江水师，插手长江巡阅府。
文官则不乐意了，兵部左侍郎闵梦得道：