看到了火帽枪研制的可能性，朱由检迫不及待，在武英殿召开枢密大臣会议。
这次会议，有袁可立等枢密院官员参加，还有施凤来、徐光启等有枢密大臣加衔的朝堂大臣。
兵科给事中因为要审核有关军事的诏书和命令，所以同样与会。
朱由检首先关注了枢密院成立的进展，尤其是各部组建。
得知参谋部已经成立作战司，由杨嗣昌率领制定作战方案后，满意地点了点头，夸赞了袁可立几句：
“枢密院成立的目的，就是为了更好的作战。”
“作战司是重中之重，所有机构组建都要以利于作战为中心。”
再次强调作战司的重要性，确定它枢密院第一司的地位。
这个司的司长，现在是副总参谋长兼任，以后也成了惯例。
除了作战司外，参谋部最重要的是通信司。
作为主管军令的机构，通信司对参谋部至关重要。军事命令下发，都要经过通信司。它的下属机构，有机要厅、通信管理厅、通信兵训练厅、档案室，以及通信研究所等。
朱由检原本打算把这个机构放在锦衣卫负责的情报部，但是被兼任总参谋长的袁可立争了过去。
考虑到参谋部对通信的依赖，朱由检同意了这一点。打算让通信司负责正常军令，情报部负责秘密通信。
除此之外还有职方司，是从兵部职方司转来的。相比原本的职责小了一些，主要负责舆图和军制。
它的职责，可以看做编制司，确定各地军队的编制和防区。
朱由检命职方司为各地军队确定番号，规定所有的营级以上编制，在原本名称之外，都要有数字番号：
“周礼曰：五卒为旅，五旅为师，五师为军。”
“未来的大明军队，要按军师旅编制。”“军以一位数字编号，师以两位数字编号，旅以三位数字编号，后面再加一位数字，代表所辖的营。”
“例如东江镇第一旅番号是331旅；它
“以此类推，给所有营级以上军队编号。”
“以主将姓氏称呼的营号，以后不准再用。”
“枢密院以后要给各军授旗，不要因为主将改动就用新旗帜。”
“下达军令的时候，也要以番号称之。”
这是在军中淡化主将的影响力，枢密院官员以文官为主，自然十分赞同。
袁可立又询问道：
“若以边镇为师，军又如何设置？”
朱由检对此早有考虑，回应道：
“军非常设编制，只在大战时设置。”
“平时还是以镇为最高编制，镇可以看做是权限更大、独立镇守一方的师。”
“如今辽东在和建虏大战，辽东一带的兵马，可编为辽东方面军，撤销辽东镇编制。”
“原辽东镇的宁远、锦州、塔山等总兵，麾下兵马可编为师。”
“山海关和东江的兵马，仍旧独立设镇。镇的自主权力更大，平时独立管辖，只在大战时服从辽东方面军指挥。”
这下群臣听明白了，皇帝这是在镇这一级之上，增设军级编制。
军者级别一样，都由总兵统率。师和镇
旅
这也是现在的枢密院，有可能管辖到的最低一级编制。
李邦华负责京营整训，询问道：
“边军如此，京营又如何如何编制？”
“三大营和下属的参将营、游击营、佐击营等小营，应该如何改动？”
朱由检这一年多早就摸清了京营的编制，回应道：
“京营可称京军、禁军，以第一方面军称之，麾下番号以1开头。”
“三大营看作师级编制，五军营、神枢营、神机营这三个旧称呼可以保留，正式番号为11师、12师、13师。”
“三大营总兵和副总兵直接统率的兵马，可以编制为旅，最高统兵一万人。”
“参将营仍是统兵六千，游击营和佐击营统兵三千，作为三大营直辖的独立营。”
“李卿整训的时候，可以把这些营按甲乙两等区分。战力强的编为甲等营，营长可提升为参将甚至更高。战力弱的编为乙等营，营长由佐击将军、游击将军担任。”
“明年西南兵马奏凯献俘后，朕会举行一次校阅，确定甲等营、乙等营。”
对京营的整训，朱由检非常慎重。避免胡乱改动，造成人心不稳。
所以他对京营的编制基本没有大动，只是加上数字番号。延续原有的办法，对京营进行整训。
这样虽然不能让京营脱胎换骨，战力至少不会降。避免大改编制，短期内战力丧失。
李邦华听到之后，心中已经有了底。知道皇帝暂时没有按巡捕营那样对京营大改的想法，只是让他整训。
袁可立这时又询问道：“边军和京军如此，地方卫所又如何编制？”
“还有各地督抚的标营，应该要如何编？”
朱由检对此早有全盘考虑，回应道：
“依朕之见，卫所体系和边防体系要明确。”
“如今九边各镇，基本是总兵镇守、副总兵协守，还有分守、守备。”
“这是总兵镇守体系，是边军常用的编制。”
“卫所则早已成为兵源，指挥、千户这样的卫所军官，才能在镇守体系当把总。”
“以后朕就明确，卫所主要是提供兵源，兼有守卫地方责任。”
“卫所的军官、军士、军户需要服役的，编入地方防卫军。”
“防卫军和边军一样，按总兵镇守体系任命官职，以后统称为边防军，由边防部训练管理。”
说着，他转向兵部右侍郎秦士文，任命道：
“边防部部长，由兵部右侍郎秦士文署理，加从二品枢密同佥衔。”
“下设训练司、步兵司、骑兵司、炮兵司、车兵司、工兵司等机构，负责各兵种训练管理。”
然后又向一众枢密大臣道：
“以后地方都司，要和兵备道等护军机构合并，统一称为都护司，或者都护使司。”