会议结束之后，朱由检让海军部整理一份海军发展十年规划，又留下了黄立极。
黄立极这个首辅，被他任命负责组建理藩院。朱由检关注了一下理藩院组建的进度，确定对葡萄牙、西班牙、荷兰等国的策略。
黄立极很久没有被单独留下对话，心情有些激动，回道：
“按照陛下吩咐，理藩院负责宗藩、内藩、外藩、外交等事务。”
“臣拟在理藩院设立内藩部、外藩部、外交部三部。”
“内藩为陛下分封之藩，有宗室开辟的宗藩、被分封的勋贵开辟的封藩、内附大明的藩属。”
“宗室藩臣，由宗人府宗正寺管辖，臣请把宗正寺划归理藩院。”
这是应有之义，甚至可以说早就做好准备的。
毕竟理藩院衙门，就被朱由检放在了宗人府。
所以他下令道：
“宗人府和理藩院平级，都是正一品衙门。”
“宗人府下属宗正寺的事务，以后由理藩院管辖，内藩部和礼部督导。”
“宗室各藩可在宗人府派代表，组成宗室代表大会，监督宗正寺事务。”
“若是宗藩代表有异议，理藩院必须回复。”
这是给早已成为空架子的宗人府，监督宗正寺的权力。
朱由检对待宗人府，和对待五军都督府一样，把这两个正一品衙门，变成维护宗室和勋贵世官权益的俱乐部。
黄立极对此没有什么异议，因为他知道宗室开藩之后，影响力必然上升。
与其让他们因为不满闹出事端，还不如让他们往宗人府派代表，有点说话的权力。他把这点略过，询问道：
“功臣开国功臣和奉天靖难功臣，开辟的藩国和宗藩一样设长史司和典军司，负责封地军政，朝廷任命的封地官员要超过一半。”
“唯有顺天贵族等内附藩属，臣不知如何对待。”
这是朱由检之前册封顺天贵族，遗留下的问题。
顺礼王、顺义王等顺天贵族说是内藩，大明却没有派一个臣子常驻。
对于他们的内部，大明基本上没有什么控制权。
甚至在理藩院中，有些官员就提出，这些草原上的顺天贵族，不应该划为内藩。
朱由检对此也有些头疼，因为以大明现在的实力，不足以深入影响草原。
他若敢派臣子去草原上当官，那些顺天贵族就有可能派“马贼”把他们给杀了，大明朝廷想要讨说法，就得派兵过去。
但是要说顺天贵族是外藩，朱由检第一个不同意。
他还想要加强对草原的控制权，怎么能主动把草原贵族划为外藩？
所以思索之后，朱由检决定往后拖：
“顺天贵族可看做内属外藩，介于内藩和外藩之间。”
“他们主动归顺大明，要给予相比普通内藩更大的自治权。”
“有关他们的管理在重制礼乐后确定，现在先维持原样。”
又想起在这件事上有功的孔贞运，朱由检道：
“内藩部的部长，和枢密院三字部一样定为正三品。”
“这第一任部长，朕打算让孔贞运担任。让他同时进入礼法研究中心，参与藩属礼仪和自治法律制定。”“加从二品承政大臣衔，在理藩院协理院事。”
这些任命，朱由检都没说署理。因为理藩院是他划出的自留地，可以用中旨直接任命官员。
孔贞运这個刑部右侍郎，因为去年主持封贡、今年又出使草原的功劳，朱由检把他升官，是理所应当之事。
内藩部之后就是外藩部，朱由检定下的外藩概念是朝贡国家和部落。
例如草原上那些没有被册封为顺天贵族、却向大明朝贡的部落，还有朝鲜、琉球、安南等朝贡的国家，都被划为外藩。
对于这些藩属，大明的控制力没有那么强。外藩部的事务，主要是负责对这些国家君主的册封、以及朝贡往来。
想着大明现在对朝鲜的控制，比对顺义王部还要强。安南的莫氏更是受封安南都统使，几乎等同土司。朱由检思索之后，又给了外藩部一个安排，那就是在有条件的情况下，把一些外藩化为内藩：
“朝鲜、琉球等国，一向颇为恭顺。”
“外藩部的官员可以尝试下，为这些藩国的国君册封顺天爵位，以后成为内藩。”
“还有土司事务，内藩部也要和兵部一起参与。对大明境内的土司尽量改土归流，同时给恭顺的土司首领册封爵位，让他们去海外开藩。”
“这些理藩院都要做好规划，也要做好保密。以免消息乱传，境内土司不安。”
改土归流是大明一直在推进的政策，但是却不能大张旗鼓宣传。避免境内的土司大规模造反，忠心的土司起二心。
但是黄立极作为理藩院的组建者，心里是要有数的。他在听到皇帝的命令后，转动脑筋说道：
“陛下，石砫土司忠心朝廷，又多次立下战功。”
“臣以为可以封爵，将来让他们开藩。”
朱由检点头赞许，对黄立极这个反应很满意。说道：
“确实应该如此，秦良玉应该封爵。”
“将来这些土司如何开藩，留下来的不愿迁徙的部民又该如何安置，理藩院要做好规划。”“朕的基本意见是，以后大明境内的宣慰使司都要迁移，宣抚司设置也要慎重。”
“留下的土司辖地最好不要超过一县，避免一些首领生出野心，再闹出播州之乱、奢安之乱这样的大乱子。”
“这些东西，黄卿心里要明白。”
“今后这几年，朕打算让黄卿执掌理藩院。”
黄立极听得一惊，知道这是皇帝对自己卸任首辅后的安排。
他这个首辅的职位，明年必然要退的。这是他在去年就做出的承诺，换取了今年的相安无事。
不过随着明年的到来，他的三年首辅任期即将结束。有些官员已经担心他不退，弹劾的奏疏也多起来。
为了避免群臣的大规模弹劾，所以黄立极已经打算找个时间明确表态，表明自己没有恋栈权位的意思，以便明年卸任时体面点。
没想到皇帝却安排好了他今后几年的去向，那就是执掌理藩院。