寝署三年外，祠郎初报闻。
臣心似江水，长绕孝陵云。
南京——大明龙兴之地；神烈山和孝陵——大明龙脉之锁。他们此时终于重新回到了大明的怀抱，在这个属于朱四——大明永历皇帝的时代。也许收复南京的战略意义略小于收复北京，但是收复南京的精神意义却要远远大于夺回燕京城。在没有祭拜孝陵以前朱四是不准备还都南京的，大明的龙兴之地、大明的龙脉和祖宗远比一座都城重要的太多太多。
祭祀先祖也不仅仅是对大明百姓的一次精神感召，那更是对大明的这些后世子孙的一次灵魂上的洗礼和责任上的担当。祭祀仪式的筹备时间便用了很久，这期间朱四还得到了一个意外的收获。在这个山崩地裂，国厦倾覆的时期里，有很多大明的忠臣义士虽然没有复兴灭国、匡扶天下的能力，却依然抱有着存续绝学、心系汉室、穷身自守的一副铮铮铁骨。这便是后世所谓的大明遗民。洪承畯、傅山便是此类人，而其中最具著名的便是王夫之、黄宗羲和顾炎武了。而像这样的铮骨中，有一些人早在朱四祭拜孝陵之前的许多年中，便都纷纷来到此地，跪伏于太祖的陵前，痛哭着家国的危难、唏嘘怀念着太祖高皇帝的文治武功。这其中就有一个人、明末三大儒之一，那位手不释卷的亭林先生顾炎武。
自崇祯帝殉国以后，一些著名的复社成员因为已经无力回天，所以他们为了自身的气节而遁迹于山林，比如杨廷枢，方以智、陈贞慧等削发为僧、隐居不出。顾炎武、黄宗羲等为了总结明亡的教训，专心著述，其中顾炎武还历经了在南明弘光朝为官兵部、为南朝撰写《军制论》、《形势论》、《田功论》、《钱法论》，即著名的《乙酉四论》。
弘光朝灭亡后，亭林先生又参加起义军。无奈义军接连战败，先生的生母何氏因为被亭林先生所株连，右臂被清兵砍断了，两个弟弟双双被清军杀害，亭林先生仅以身免。数日后，亭林先生与起义军防守常熟，再败。亭林先生的嗣母王氏闻变后，绝食殉国，临终前还嘱咐亭林先生，说：“我即使是一个妇人，身受皇家恩遇，如能与国俱亡，那也是一种大义。你是大明的臣子，不是他国的臣子，不能辜负世代的国恩浩荡，更不要忘记先祖的遗训。如果你能做到这些，那么我就可以长眠地下了。”（《先妣王硕人行状》）