公室奋起反击，昭公二十五年，在郈（hòu）昭伯、公若等人的劝说下，鲁昭公发兵讨伐季氏。而孟氏、叔孙氏认为唇亡齿寒，三桓是一荣俱荣、一损俱损，于是发兵救援。结果召公外逃，而季平子专权，摄行君位将近十年。
季平子的僭越行为，导致其家臣奋起模仿，其中影响最大的莫过于阳虎。定公五年，季平子、叔孙成子相继去世，阳虎发难，囚禁季桓子，逐仲梁怀，随后执掌鲁国权位长达三年。虽然阳虎被三桓赶出了鲁国，但是三桓的影响日渐削弱、公卿之别君臣之礼日渐败坏也成了趋势。
这个时候，在位的鲁定公决心削弱三桓，而这个时候三桓内部并不稳定，因为季氏的专权，导致其他两家的不满。定公十年齐鲁会盟，作为司仪的孔子不仅言谈之间退去发难的莱夷，更以口舌之利，使得齐国归还汶阳之田。于是，定公以此为契机，重用孔子，而孔子为了恢复公卿之别、君臣之分，决定以毁三都的方式，逐步消解三桓的强盛势力。
季桓子出于防止家臣犯上的考虑，同意毁三都，并派仲由等臣子率兵毁掉自己的费城。然而三桓之中，孟氏反对，他坚持不毁掉自己的成城，结果定公发兵讨伐，却无法攻下。而定公在季氏的唆使下观看齐国女乐，败坏礼数，更寒了孔子的心。结果，三桓把公室的坚定拥护者孔子赶出了鲁国。
哀公即位后，想要伐灭三桓，接过反被三桓逐赶，死于有山氏。哀公死后，三桓立公子宁，为鲁悼公。悼公时期，三桓胜，鲁就像小侯，卑于三桓之家。直到鲁穆公时期，鲁国实行改革，任命博士公仪休为鲁相，遂渐从三桓手中收回政权，国政开始奉法循理，摆脱了三桓****的问题，重新确立了公室的权威。而三桓之一的季氏则据其封邑费、卞，独立成为了费国。
公元前323年，鲁景公去世，鲁平公即位，此时正是韩、魏、赵、燕、中山五个主要诸侯国互相承认对方君主王位之年。鲁顷公二年（公元前278年），秦国攻破楚国首都郢（yǐng）。顷公十九年（公元前261年），楚国征伐鲁国取得徐州。顷公二十四年（前256年），鲁国被楚考烈王所灭，迁顷公于下邑，封鲁君于莒。又过了七年，鲁顷公死于柯，鲁国断绝祭祀。
西周时期，鲁国对稳定周王朝起了很大作用。鲁国是保存西周礼制较多的侯国之一，但受当时形势的影响，也展开了一系列变革活动。如“初税亩”“作丘甲”“用田赋”，都标志着鲁国租税赋役制度的重要改革；“作三军”“舍中军”，则标志着鲁国军事组织和君臣力量对比的变动过程。
在周代的众多邦国中，鲁国是姬姓宗邦，诸侯望国。鲁国成为典型周礼的保存者和实施者，世人称周礼尽在鲁矣。各国诸侯了解周礼也往往到鲁国学习，鲁国是有名的礼仪之邦。鲁国与周礼的这种密切关联，使得鲁国形成了谦逊礼让的淳朴民风，同时也使鲁国国势的发展受到了很大的影响。