就这样也是令薛仁杲很是头痛。薛仁杲扬言，要是此战拿下了关中，他第一个就灭了李轨。
李渊除了在薛仁杲的后方联络李轨之外，又另外派大将攻击陇坻道的关隘，企图从陇山进入取秦州，以分散西秦的兵力，减少对薛仁杲的援助。
在多路佯攻和辅助下，李世民的大军接近浅水原。
而第二次浅水原之战打响前，最开始是非常沉闷的。
薛仁杲见李世民主动来袭，大喜过望。
但他没想到的是，这一次，李世民依旧是下令严密防守，坚壁不出。薛仁杲求战心切，怕李世民继续南逃。甚至主动撤出高墌，引李世民入城。
薛仁杲的骄横也并非一无是处，他见高墌唐军不为所动，于是往泾州一带寻机先攻取泾州，结果一时也难以得手，又引兵南下，顺道设伏兵袭击泾州追击的唐军，获得大胜。
李世民这次心中必取薛仁杲，他就是利用薛仁杲死缠烂打的心理，让薛仁杲一直在高墌周围游走，想耗尽西秦的粮草。
就这样，薛仁杲和李世民在高墌相持了整整六十天，薛仁杲的粮草用尽，军心开始动摇，加之薛仁杲这人一直对部属很暴虐，从不安抚，部将中开始有人率部向唐军投降。
薛仁杲见自己几方都在告急，李世民的耐心占了上风，他只得骂骂咧咧的准备撤军。
李世民见时机成熟，于是，趁薛仁杲撤军之际，再次离开高墌城列阵浅水原，引诱薛仁杲到浅水原决战。
薛仁杲果然中计，于是在浅水原上演了大决战。
李世民提前架设霹雳炮在附近，在霹雳炮的助威之下，玄甲军迅疾包围分割西秦大军。西秦兵马此时大多已经毫无斗志，一旦见大势已去，大部都归降了唐军。
薛仁杲只得奋力拼杀冲出重围，往折墌城逃窜。
唐军追至折墌城后，包围小城，用霹雳炮轰开折墌城。薛仁杲见大势已去，自己在城内跪俯投降。
西秦于是在一场决战后，彻底的被唐军灭国。
薛仁杲被押解回长安后，即被斩杀。
李世民也挽回了自己兵败浅水原的面子。
浅水原大战之际，李智云在长安城优哉游哉的闲坐时，李渊给了他一个接待任务。
让他率五百人去潼关迎接准备投唐的一个重要人物——瓦岗军李密。
李智云知道李密投唐这件事。主要还是因为他走投无路，被王世充在邙山脚下打得溃不成军，人心离散，部属们大多对他失望透顶，有的被王世充所俘获，有的直接就投了王世充。
瓦岗军除了徐世绩占据着原瓦岗军大部的势力范围外，李密所率瓦岗军已经名存实亡。
李密害怕翟让的旧部报复他，只得向西投奔大唐。
李智云于是只率领二百亲随，就往潼关而来。