然而，随着人类所掌握的力量越来越强大，甚至在漫长的岁月中，出现了不少惊才绝艳的，足以比肩各系盖亚所创造出来的原初之神一级的强者，人类的欲望和野心，也越发的膨胀起来。
这些强者中的一些人，脱离了人类的身份，加入了神灵一系，成为转身之神，也有一些人，已经不再满足于屈居神灵之下，转而开始带领着人类反抗神灵，甚至想要将神灵踩在脚下，构筑起一个完全由人类掌握的世界。
人与神的矛盾越积越深，最终爆发了出来，一场人与神以及魔兽之间的漫长战争，在全球范围内开起了，几乎每一天，都会有人类的强者或者是神灵陨落，一开始的时候，盖亚并没有太过在意这些事情，那些神灵虽然大都是自己的念头所化，但是被分化出去之后，就已经和盖亚没有太大的关系，即使被杀死了，对盖亚也不会有任何的影响，至于那些人类强者，更是不会被盖亚在乎了。
但是随着战事的不断升级，越多越多的战火被点燃，各种破坏力强大的魔法和神术，不断地被开发出来，更是导致了战斗所带来的破坏性不断加强，甚至已经有着向危及整个星球的事态发展，眼见于此的盖亚，也终于坐不住了。
感受到星球受到威胁而恼火的盖亚直接出手了，她先是构筑出一片虚影世界作为监狱，将那些由自己的念头和力量分化出来的神灵，以及一些人类高手进阶的转身之神，全都囚禁在了里面，同时又发动一场波及全球的大洪水，准备将剩余的人类也都清理掉。
就在这个时候，作为人类意识集合体的阿赖耶，立马站住来阻止，她一边偷偷地将消息传递给了人类中的贤者，让人类早做准备，以便躲过了这一劫，一边恳请着盖亚，请求她再给人类一次机会。
虽然对于阿赖耶这个和自己位格相差不大，差不多能和自己同等对话的存在，盖亚相当重视，但是也不绝对不会因为阿赖耶，就轻易地更改自己的决定。
大洪水还是被发动了，不过，因为有了阿赖耶的通风报信，已经事先有了准备的人类，虽然依旧损失惨重，但还是有不少幸运之人，逃过了此劫。这时候，盖亚在阿赖耶的劝说下，怒火也已经消退了不少，眼见人类逃过了一劫，也就没有准备继续追究下去心思。