而鞑子屠杀扬州那惨绝人寰的情景，对应出鲁王、唐王不顾外敌，同室操戈的龌龊；另一方面，也映衬出秦牧始终站在抵抗鞑虏第一线，大败阿济格的壮行义举。
本来秦牧设置六部官衙，大部分职位还空缺着，这道诏书一出，前来投奔者顿时拥塞于途；
尤其是鞑子占领区的官吏，许多人不愿剃发异服。不甘做满清的奴才，又怕朱家子孙清算他们的旧帐，现在有了秦牧这个选择，便纷纷弃官南逃，投奔武昌而来。
对于这些主动来投的官吏，秦牧一律不计前嫌，着吏部酌才叙用。
对于各地来投的读书人，则令礼部筹备科举，通过正途铨选。但私下里，秦牧却再三叮嘱礼尚书堵胤锡，凡东林党人尽量少录取，秦牧可不想刚则立国。就毁于党争。
秦牧的诏书传遍了天下，正处在风口浪尖上的江阴城里也有人将诏书贴出，并传诵着秦牧大败阿济格，歼灭十万鞑虏大捷消息。
自六月初在典史陈明遇、诸生许用等人带领下。江阴义民擒拿清知县方亨，斩杀清差，树起反清义旗。至今已过一月时间；
其间常州知府宗灏派三百兵丁赶来镇压，被义民全歼于秦望山下。
南京的黄连山接到消息后，毅然派出李重阳等二十名有战阵经验的夜不收成员赶到江阴，助义军作战，在李重阳等人的组织训练下，义军多次打退小股清军的进攻。
清贝勒博洛大怒之下，派降将刘良佐统四万重兵围城，并作招降书射入城中，江阴军民公议后，回书拒绝，同时派人前往绍兴向鲁王求援。
刘良佐见劝降无效，便四处捕杀城外义兵，企图断绝城内军民外援，同时开始攻城。
城中严密防御，清兵箭如雨注，城上义民一手拿锅盖遮蔽，一手接箭，每天能得到十多万支箭。
但战争毕竟不是儿戏，城上义民虽经李重阳等人组织，但时间太短，难以成军，在刘良佐猛攻之下，江阴形势日益严峻，派往绍兴的人又回报鲁王拒绝派兵增援，使得城中士气大损。
在这生死存亡之际，李重阳劝陈明遇改树秦军义旗，以鼓民意，同时承诺会尽快联络秦牧，派兵来援。
陈明遇与许用、黄略等人商议之后，同意李重阳提议，换上秦军旗帜。
城中百姓得知能联系到大败鞑子的秦军之后，一时信心大增，士气高涨。
城里有个叫程璧的富绅更是首捐二万五千金，在他带领下一时捐资者云集。
士气虽然再次鼓舞起来了，但陈明遇深知秦军来援总还需要些时间，同时自感缺乏军事组织才能，于是想起了智勇双全的前典吏阎应元，经过众人同意之后，便专门委派十六人连夜出城，到阎应元住所请他出山。
阎应元从所请，率家丁四十人，夜驰入城。
阎应元以江阴在着崇高的威望，这一点是李重阳等人万不能及的。崇祯十四年，有江盗乘船百艘来犯江阴，县令、县丞、主簿都吓得弃城而逃，江阴百姓惊恐万分；
唯独武艺高强的阎应元带刀冲出，跃马于市疾声大呼：“好男子，从我杀贼护家室！”一时从者数千，听从号令布列于江岸，将江盗击退。
阎应元方一入城，立即得到了江阴百姓热烈的拥护。
形势危急，阎应元让每户出一男丁守城，以武举人黄略守东门，以李重阳守南门，陈明遇守西门，阎应元自守北门，以李重阳带来的二十人在城内对兵丁轮番训练，与清军展开了殊死大战。
刘良佐令四万大军造浮桥十条，一齐渡过外城河，分十处登云梯上城。阎应元指挥城上用砖石掷下，以长枪拒敌；一时间乱石纷飞，炮火连绵，双方死亡不计其数。
满人大将阿巴赦自恃勇猛，穿着三层甲，腰悬两把刀，背上还背两把刀，手执两把刀，亲登云梯，跨上城垛，执刀乱砍。
城上守军用棺木抵挡，以枪刺其身，竟不能入。
有人喊道：“刺他的脸。”于是众人纷纷刺其面，一汤姓童子，持铁钩镰，用力钩断其喉管，竹匠姚迩割下他的头，满将身子堕落城下。清兵齐来抢尸，城上梆鼓齐鸣，砖石小箭如雨点，清兵又伤亡数百人。
江阴的战况以飞鸽传书的方式，很快传到了武昌，秦牧接报之后，着令三军加速备战；
并令水师都督狄中行整合洞庭和鄱阳两湖水师，准备夺取“制江权”，同时命兵部征调大量民船用于运兵运粮；
江阴就位于长江边，一但能控制住长江水道，也就等于有了增援江阴的能力。
江阴是第一座树起秦军旗帜的城池，保住江阴有着军事有政治双重意义；
首先军事上，可用江阴为桥头堡，挺进整个江南，对南京形成两面夹击；
在政治上，鲁王拒绝增援江阴，而秦军千里相救，这对争取整个江南的民心将起到不可估量的作用。
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