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因为郑芝龙的舰队还在崇明岛没有离去，长江水道上的形势还比较紧张，本来繁忙的长江水道，除了军方的船只，商船往来比较少。
在船上，秦牧接到内阁递上来的有关江西、湖广百姓捐资修建皇宫的奏疏，在内阁的票拟中，对此事的处理意见是下户损资三取一，中户以上的人家捐资则全部接受。
秦牧原来打算下户百姓的捐款一率不取的，不过内阁三取一的方案也不错，下户百姓捐的本就不多，主要代表的是他们的一份心意，三取其一等于是收下了他们的这份心意，这会让那些真心捐献的百姓更高兴。
秦牧批准了内阁的处理方案。
从江阴乘船到扬州，一天即可到达。扬州地处南北交通枢纽位置，历来得漕运、盐运之利，向称富庶地区，繁华之地。
但经历惨无人道的大屠杀之后，往日春风十里扬州路，如今只余下残山剩水；二十四桥明月夜，但见清角吹寒，秋草残垣，一城凄冷。
城中除了八千守军，剩下的百姓寥寥可数，倒是新收留了不少从淮北敌占区逃来的百姓，人数有三四万，总算给扬州增添了几分人气。
毫无疑问，扬州城比江阴高，墙比江阴厚，军民比江阴多，史可法的装备比阎应元好。
阎应元以一群民壮，守江阴两个多月之久，让清军伤亡近十万。
而史可法守扬州，如果除去清军围而不打的几天不算，从清军实际发起攻击算起，扬州城只坚持了一天。便告陷落。
至于说什么弹尽粮绝城乃破都是往史可法脸上贴金，清军在四月十八日才到达扬州，开始围城，二十五日等来大炮之后，由拜音图、图赖、阿山等正式发动攻城战。一日告破。
从围城到破城，前后只有七天时间；而实际攻城，只用了一天时间，这么短的时间说什么“弹尽粮绝”？
这血淋淋的事实证明，史可法真的只是个读书人，在军事上很无能。用他来守扬州，是扬州的悲剧。
但史可法守不住扬州，是他的能力问题，不是品格问题。
他宁死不屈的高尚品格是值得每一个人尊敬的。
因此，秦牧仍要在城外的梅花岭上的“扬州十日死难者纪念堂”前给史可法立像。
同时，命人雕刻洪承畴、许定国、李成栋、刘良佐等人的跪像。
并在雕像前立碑刻上那副著名的对联：
史笔传芳。未能平虏忠可法；
洪恩浩荡，不思报国反成仇。
洪承畴现在还没有死，关押在金陵，秦牧本来想用他的头颅来祭扬州遇害百姓的，但考虑到他与扬州的大屠杀没有直接的联系，而且还有些剩余价值，就暂且留着他。
梅花岭边。足有二十多万死难的百姓被埋在这里，形成一个巨大的山丘。
纪念堂就位于梅花岭上，地基刚打好，上千工匠和劳力正在加紧时间修建，由工部员外郎卫国疆负责指挥筹建。
秦牧带着上万军民，到梅花岭下大祭，请来僧道两家诵经作法超度亡灵，而祭品则略有不同。
在江阴大祭时，主要宣扬的是江阴百姓不屈的精神，和不畏牺牲的勇气。
而在扬州。秦牧要通过这次大祭向天下昭示的是民众的苦难，和敌人的凶残，以唤醒天下人同仇敌忾之心。同时表明秦军雪耻的决心和能力。
因此秦牧整整带来了一千俘虏作为祭品，这一千俘虏中有女真人，也有汉人。不管他们是那一族人，无不是参加过扬州大屠杀的。
血债要血来还，一千俘虏被秦军士兵押到小山似的冢丘前，下面，就埋着被他们屠杀的二十多万无辜百姓。