喇嘛是统治西藏的政治领袖，在他之外还有另外一个人物也极具权力，那就是摄政王。一般情况下，当执政的喇嘛圆寂后，西藏一时就失去了他们的政治领袖，在这种群龙无首的特殊背景下，中央政权都要选派在西藏有很大影响的高僧担任摄政。统领西藏的大权。这些摄政一方面要代行喇嘛的权力，另一方面又要负责***灵童的寻访事宜，只有当下世喇嘛在18岁亲政时，他们才会退出西藏的政治舞台，如果中途不出意外另换摄政的话，他们少则几年，多则十多年一直身居这一显赫位置。据史料记载，七世***圆寂后，西藏的政教事务一时无人主持，乾隆皇帝就命令第穆诺门汗为报政，在新灵童未找寻到之前，及灵童坐床后尚未到法定的执政年龄18岁以前，代理喇嘛的职权，从此便形成了西藏特有的摄政制度。
由于摄政王具有这么多的特权，所以有一些摄政王从内心来说是不情愿把大权交给亲政喇嘛的，因为一旦喇嘛亲政，他们的大权就会失去，因此，一些摄政王总是要千方百计地阻止喇嘛亲政或者是在亲政后加害喇嘛，而九至十二世喇嘛的夭折在一些藏族人看来就是如此。十三世喇嘛的近侍们也很请楚，他们必须预防灵童身边存在着的种种威胁，尤其是在喇嘛18岁快要接管全部大权的时候。他们必须严防任何意外。按照传统，每一世喇嘛在他们亲政前都必须去朝拜拉萨东南的圣湖拉姆拉错，他将在那里看到他未来的祸福和临终时的情景。他还必须参见该湖的女神兼西藏政府的护法神帕登拉姆，与女神面对面地讲话。
从圣湖返回拉萨途中，人们给年轻的喇嘛吃了一粒神丸，以使他恢复精力，容光焕发。关于前面四位喇嘛，很多西藏人认为他们之所以丧命，是因为缺乏经验，不知如何说话而触怒了女神。而另一些人则认为神丸有毒是主要原因。
十三世喇嘛却没有遇到这些麻烦。但将来会怎么样呢？
在十三世喇嘛坐床后的第8年，摄政王通善济隆呼图克图逝世。按照惯例，驻藏大臣色楞额查看了摄政王的遗体，然后封存了他的印章，又照旧例来到布达拉宫吊唁。摄政王逝世后，噶厦的四位噶伦召集三大寺、上下密宗学院的代表以及其他重要的僧俗官员商讨了摄政王的继任人选，会上一致推选第穆呼图克图继任摄政王。会后，四大噶伦等向驻藏大臣和***作了汇报，并请求驻藏大臣向清朝皇帝转奏，光绪帝批准了奏折。
第穆呼图克图来自拉萨著名的四大林（功德林寺、丹吉林寺、策默门林寺、罗色林寺）的丹吉林寺，宗教职务是堪布。四大林并不大，但却神圣不可侵犯，因为它们的堪布都是有名的活佛。按照传统，在喇嘛未成年间（未执政以前），通常是从这些寺院的堪布中选出一名担任堪布，因此这些寺具有极高的政治地位，甚至连哲蚌寺、甘丹寺、色拉寺也未被赋予过这样的殊荣。按照旧例，十三世喇嘛18岁时就应该亲政接管政务，光绪帝也曾下令要他亲政，但十三世喇嘛考虑到自己年龄还小，同时正在学经，恐怕亲政以后政教两误，就只把历代喇嘛的三颗印玺接了过来。
1895年（清光绪二十一年）十三世喇嘛受比丘戒后，他的功课差不多已经结束。这时，西藏的政局正处在动荡的时代，英国的刺刀开始指向拉萨，西藏的统治集团都急切地希望十三世喇嘛亲政。当他受过比丘戒后，三大寺和噶厦的僧俗官员们借口“神意”逼迫摄政王第穆呼图克图辞职。摄政王尽管很不情愿，还是向十三世喇嘛提出了辞呈。喇嘛将辞呈提交了三大寺和全体僧俗官员会议讨论，结果多数与会者都认为：至尊喇嘛现已精通浩如烟海的显密二宗教义，习修完毕全部经文，按例，时到十八寿年，应开始亲政。现寿年已超过双十，政教的明鉴力等各方面均已具备他人所无法比拟的能力，已获得所有僧俗众生的共同赞颂，故应祈请至尊喇嘛执掌西藏政教大业。十三世喇嘛回复说：“西藏涉外条约的事宜关系重大，至今尚未了解。政务繁重，我辨析智能低微，如掌管政教事务，尚难知晓对众生是否有益？故不宜亲政，如定要亲政，需询问乃穷护法神。”而乃穷护法神问卜的结果是“执掌政教宏业时机已成熟。”1895年8月，光绪皇帝就喇嘛亲政一事下谕说：“金刚持***，尔已成年，深谙显密二宗诸法，为利乐之大根。尔深明释迦牟尼佛主所创教义，对一切众生一视同仁；为社稷平安，对恶者治罪，尔与历世***一样，以副朕为天下君主，众生父母之愿，仰体朕为天下君主，注定尔将为西天众生谋利乐，朕特遣人员与尔授权为赞化政主之主，并与尔丰厚赏赐。愿尔留心经卷，为佛教的兴隆和众生造福。”