虽然黄飞鸿赶跑了沙河帮的人，可是宝芝林却被这一把火烧成了灰烬。
十三姨因为一心拿着照相机没有护好刘永福临走前赠给黄飞鸿的那把写有不平等条约的纸扇。黄飞鸿回来时看到十三姨拿着照相机对着烧毁的房子拍照，就说房子都烧快完了你还在拍照！
话音刚落，他走进房间，赶忙打开纸扇，条约的内容还在，唯独“不平等条约”中的“不”字被烧毁了，一下子不平等条约变成了平等条约！
此时镜头给烧毁的纸扇一个大大的特写，再看看旁边“吾土吾民”的牌匾，黄飞鸿一时怒火中天，将十三姨一顿痛骂，骂她整天就知道玩这些西洋的破玩意儿。宝芝林被烧，纸扇被毁，一切代表着传统与民族自尊的旧的东西都不在了，可是西洋的东西善存，家仇国恨、民族的屈辱、文明的冲突，一时间百感交集，这一怒是对过去的痛心更是对前途的迷茫。当自己所拥有的一切消失殆尽时，面对未知的新的未来，我们是全然接受，还是原地观望？这不是黄飞鸿一个人的问题，也不是晚清那一个时代的问题。
官府的人来了，可是结果他们的态度却让人无比的愤懑。
关键时候，神父出现愿意帮宝芝林做证，衙门的人也没有借口了。
开始到处找沙河帮的人，可是这个时候沙河帮的人却找到了洋人，他知道洋人一直在忽悠“猪仔”送到美洲大陆上去开矿，他就自告奋勇说可以送女人过去。
但是对方却是说：“我们的官方不允许，不允许他们有老婆，不允许他们有后代，不允许他们在金山生根！”
可是沙河帮的人却表示他根本不是给那些人送老婆，而是送过去当女支。
他提出了让洋人帮他干掉黄飞鸿！
听到黄飞鸿的名字，洋人就想起来了，他说他明天约黄飞鸿去看戏，就算到时候他不死在沙河帮的人手上也会死在衙门的人手上。
夜里有“猪仔”从洋人的船上跳船逃离。
第二天戏班看戏，结果有人刺杀，洋人根本不顾普通民众死活，直接开枪，眼看着一个个无辜的人死于枪口之下，黄飞鸿愤怒地朝着洋人的枪队动了手。
黄飞鸿终于发现了那些杀手都是冲着他来的。
他让十三姨带着神父躲起来。
洋人看到那些沙河帮的人杀不了黄飞鸿，直接掏枪，结果却没想到神父在千钧一发的时候，替黄飞鸿挡了一枪！
沙河帮的人和洋人离开之后，黄飞鸿把伤者都带到了宝芝林。
可是虽然黄飞鸿尽力救治，但是却依然还是一个接一个的死去。
牙擦苏回国来是为了跟黄飞鸿学习中医的，但是施救过程中，他看到连黄飞鸿的医术也没有发挥作用，百姓痛苦死去，牙擦苏在角落处默默流泪了，他的寻根之路遇到了巨大的打击和挫折，对传统文化的态度从学习到质疑，夜晚，他收拾好行李，穿上洋装，将剪掉的辫子递给黄飞鸿，想辞别出国学习西医！
这一事件对黄飞鸿的打击无疑是巨大的，自己最亲近的人从学西医到学中医最后到还是要去学西医，本以为能在传统与现代，华国与西方之间找到一种平衡，可这种平衡刚没过多久便被牙擦苏的断发出走所打破。现实与理想背离给黄飞鸿带来了巨大的冲击！
另外一边严振东因为想开馆收徒，开辟自己的武术事业，可是却身无分文，朝不保夕，又被当地人排挤，他打伤了对方的徒弟，结果惹来了师傅。
两人一场打斗，最终严振东技高一筹，在众多人包括梁宽等人的围观下，打败了对手。
梁宽见到严振东武艺高超，一路跟了上去想要拜他为师！
可是严振东却叹气道：“功夫好有什么用，不是自己的地方，一样是穷途末路！
为了在这里扬名立万，他问梁宽这里最能打的是谁，问是不是黄飞鸿！
严振东于是就想要挑战黄飞鸿，来打出自己的名气。
翌日，严振东和梁宽就登门挑战，黄飞鸿正值宝芝林被烧，徒弟牙擦苏远走他乡，而凶手却逍遥法外，衙门倒打一耙，可以说同样的在气头上，但是他还是克制，可是严振东却不管不顾地出手了。
两人在雨中来了一场精彩的对决。
可惜的是，中途被十三姨打岔，黄飞鸿分神之下被严振东踢了一脚，严振东却觉得赢得太简单，拆掉了宝芝林的牌匾逼迫黄飞鸿明天再比一场。
结果前脚他们刚走，提督积善就带兵上门，这一次黄飞鸿没有继续妥协，可是最终为了保护宝芝林的其他人，他自愿束手就缚，被积善抓走。
另外一边，牙擦苏带着十三姨想要逃离，可是中途却遇上了沙河帮的人，结果十三姨也被抓。
严振东因为挑战黄飞鸿的消息传出，可是黄飞鸿却被抓根本不能赴约，一时间名声大噪，沙河帮的人见此，就拉他入伙。
黄飞鸿入狱之后，狱卒因为佩服黄飞鸿的为人，想要放他离开，可是黄飞鸿此时此刻却依然还坚守着自己的底线。
“国有国法，我就这么走了算什么规矩？”
就在这个时候，牙擦苏及时赶到告诉了黄飞鸿十三姨被沙河帮的人抓走的事情，黄飞鸿听到十三姨被抓，终于不再坚守，破狱而出。
另外一边，梁宽跟着严振东，水涨船高，被沙河帮的人奉为大师兄。
可是他却发现了沙河帮正在做的事情，当在门外见到沙河帮的人把抓来的女人拉去凌辱，良心未泯的他，再也坐不住，当即挥起拳头和沙河帮的人打成了一团。
结果被沙河帮众口一词倒打一耙，而严振东此时此刻根本就不顾所谓的道义，他一心只想扬名立万。
关键时候，黄飞鸿带着徒弟和民团的兄弟杀到。
黄飞鸿和严振东在船舱里面来了一场最终对决。
黄飞鸿含怒出手，严振东根本不敌，但是黄飞鸿只是割掉了他的头发，并没有杀人。
结果戏剧性的是，严振东出来的时候，却被洋人的枪乱枪打死。
临终前，他终于明白了，他对黄飞鸿说：“我们的功夫再棒，也敌不过洋枪洋炮”。
最后，洋人抓人送去旧金山的事情泄露，积善被挟持，黄飞鸿关键时候救下了积善。
因为被黄飞鸿救了，再加上这对于他也是大功一件，又是大庭广众之下，那么多人见到，积善就立刻变了颜色。
最后的一幕也是这部电影的主题之一。
提督大人积善与黄飞鸿站在船头眺望远方，提督大人说：“金山，到底世界上有金山么？”
黄飞鸿回答：“如果这个世界真有金山的话，这些洋船为什么要来我们的港口呢？也许我们已经站在金山上了。”
电影的最后，黄飞鸿终于穿上了西装，其实也代表着，他思想上的改变！