三月过半，御史中丞包拯改任三司使，在朝廷内外引起一片哗然。
当初，张方平担任三司使，因为购买富豪家产被包拯劾奏罢免，宋祁继任三司使，包拯又连章弹劾，说宋祁在四川做官生活奢侈，游宴过度。又说他的兄长宋庠现任枢密使，做弟弟的理应回避。
于是宋祁改知外郡，由包拯出任三司使。
包拯不避嫌疑，欣然受命。这也太“毛遂自荐”了，如此“豁达”，颇有“天将降大任于斯人也”的味道，却充满了妄自尊大的狂妄，引起欧阳修的不满。
难道朝中文武，都是吃干饭的么？
而且，如果以此做派，就算你包拯真正一腔热血，恐怕也走不了多远。这可是为人之道哇！
欧阳修《论包拯除三司使上书》，指出朝廷用人，要推尊名节之士。所谓名节之士，知廉耻、懂礼让。义不苟得，自重其身。他惋惜包拯学问不深，思虑不熟，连续弹劾两位三司使，全为了便于自身取而代之。这简直就是《左传》上所讲的，“牵牛蹊田而夺之牛”——有人牵牛践踏了某人的田地，某人就夺了他的牛作为惩罚，做得太过分了。
退一步说，即使包拯自己问心无愧，也不可不避嫌疑。
欧阳修建议朝廷另选三司使，改任包拯其他职务，以保全包拯的名节。
奏章上呈以后，包拯不敢赴任，居家待命。毕竟这是出自欧阳修的奏章。然而朝廷不肯改任。过了许久，包拯才去三司使就职。
有人问他：“怎么，现在不怕欧阳修反对了么？”
包拯道：“欧阳公反对的不是我干三司使，而是我没有谦让，我居家这么久，就是表示谦让之意，想必欧阳公不会再不高兴了吧。”
焦千之这些年里一直追随欧阳修，专心钻研经籍，妻子儿女寄居在淮南为官的岳父家中，自己决然一身，旅食京师。这年科场，他再次失利。欧阳修想为他谋个生计。因在张青米案件中赵概为他仗义执言，自此两人成为朋友，他去年十月接替刘敞出知郓州（今山东东平），夏季，欧阳修给赵概写了一封信，推荐焦千之主持郓州州学。
赵概回书，慨然允诺。有人问赵概说：“你不是与欧阳修之间有怨恨吗？”
赵概说：“以私废公，我不能做这种事。”
然而，焦千之因岳父改任京官，家属随同来京，他最终没有赴郓州州学。
次年五月，焦千之被朝廷召试合格，赐进士出身，后来做过无锡县令，成了欧阳修的学术继承人之一。
秋天的一个夜晚，欧阳修正在灯下读书，忽然从西南方向传来一阵奇怪的声音，开始有如淅淅沥沥的雨声，接着波涛汹涌澎湃，有如暴风骤雨迅猛而来。欧阳修感伤地说：“这就是秋声啊！”
嘉祐五年（1060）二月十五日，苏轼、苏辙兄弟结束母丧，随父亲苏洵返抵京师。苏轼被任命为福昌县（今河南宜阳西）主簿，苏辙被任命为渑池县主簿。
欧阳修奉劝苏轼暂时不要上任，打算推荐他参加制科考试。
制科，又称“制举”，是由皇帝下令对才识优异的士人举行的特殊考试。参加制科考试，必须由大臣担保推荐，考试策论，限制字数，要求很严格，中试后待遇优厚，世人称为“大科”。
后来，苏轼参加了“直言极谏科”考试，与此同时，天章阁待制杨畋推荐苏辙参加“材识兼茂、明于体用科”考试。
次年八月，兄弟俩双双中选，在社会上引起轰动，一时传为美谈。
春季的一天，梅尧臣由屯田员外郎升任都官员外郎，欧阳修邀来了京师的朋友们，设宴为他道贺，还特地购来土法酿制的青梅酒助兴。