戚继光就任总督京营戎政后，朱翊钧会同内阁、兵部，决定重新整训京营。
虽然文官不希望皇帝掌握兵权，可在拱卫京畿安全上，双方还是能够达成一致。
更重要的是，这是京师。
京师以外，皇帝可以不管，但京师，皇帝不可能不管，这个很难阻拦。
庚戌之变后，嘉靖皇帝随即整顿京营。
己巳之变后，崇祯皇帝立刻着手组建勇卫营。
朱翊钧虽然没有遇到这么大的危机，但凭借彻底实控缅甸等地树立的权威，以及前番京营公然欺君，并在取得内阁和兵部的支持后，得以整训京营。
文官中也是有真心为国为民之人，这些人是真的希望这个国家强盛。
不过朱翊钧也做了部分妥协，那就是按旧例，以给事中、御史各一人，巡阅京营。
政治本身就是妥协的艺术。
而且有文官监督，在一定程度上也有利于鞭勉那些腐化堕落的勋贵。
议定之后，朱翊钧随即下旨，九边各调精兵五百、精壮一千入京听用。
调中都司留守司，大宁、山东、河南三都司，马步官军入京。
大宁都司并没有被裁撤，只是被迁移到了保定。
在京卫、上直卫的士卒也尽皆抽调至京营。
这些也是京营一直以来的主要兵源。
同时，将随戚继光从征缅甸并奉诏入京的六千南兵，也编入京营。
这六千南兵，不仅仅是充实京营，更重要的是替戚继光镇场子。隆庆年间戚继光在蓟州练兵，为什么要调三千浙兵至蓟州，就是替戚继光镇场子的。
不然，戚继光凭什么让那些老兵油子听自己的。
原有京营士兵，则加以甄别，剔除老弱。
另外再派人到各地募兵。
在各地兵马入京之后，朱翊钧又着手对京营的编制做了调整。
原来的京营有三十个营，五军、神枢、神机，每营十个，统称三大营，以五军营人数最多。
这三十个营中，人数最多的，七千，有两个。其次六千，有四个。剩下的都是三千人。
原本五军营还有一个大将，统兵一万，管副、参、游、佐等将官。但因权柄太大，后被裁撤。
这么做的好处就是，兵力分散，真要出什么事，也起不了大乱子。
坏处就是，各营之间没有向心力，无法撑起大规模作战。
而在地方上，一营的兵力，一般在三千左右，还不如京营呢。
为了避免这种弊端，朱翊钧便对原有编制做了调整。
朱翊钧也不是随意调整，而是在综合考量之后才做的决定。
京营原有的编制。
何良臣采用的军队编制。
戚继光采用的军队编制。
袁世凯天津小站练兵所采用的兵制。后世的军政双主官制。
朱翊钧是各取所长，做了如下调整。
京营士兵分三种，常备兵，续备兵，后备兵。
常备兵用于作战。
续备兵充当预备役。
后备兵则再次之，同时负责辎重等事，类似于辅兵。
常备兵以十人为一队，设队长一人统之。
五队为一旗，共五十人，设旗总一人统之。
两旗为一连，共一百人，设百总一人统之，试百总一人佐之。
五连为一司，共五百人，设把总一人统之，副把总一人佐之。
两司为一团，共一千人，设千总一人统之，副千总一人佐之。
三团为一旅，共三千人，设游击将军一人统之，佐击将军一人佐之。
五旅为一镇，共一万五千人，设主将一人统之，副将一人佐之、参将一人佐之。
五军、神枢、神机，为常备兵，每营统辖四镇，互不统属，共计十八万人。
同时，设政训官。
每镇设督军一人，每旅设督察一人，每团设监察一人，每司设教导一人，每连设指导一人，负责监军。
政训官从内廷、禁军、锦衣卫、各地世袭卫所军官中选拔。
续备兵分五镇，编制与常备兵相同，只是每镇兵额一万，分为续备第一镇、续备第二镇、续备第三镇、续备第四镇、续备第五镇，不设主将，设副将统之，参将佐之，同时设政训官监军。后备兵与续备兵相同。