起初，杨峥也有这个打算，只是对于学问，他的确不如这帮庶吉士，加上对古代文学理解不够，所以一直也找不到很好的切入法子，而曾鹤龄就不一样了，
自小熟读四书五经，状元及第后，历官翰林院修撰、侍讲，至侍读学士、奉训大夫。参与编修《成祖实录》、《仁宗实录》，学识极为渊博，在杨峥的潜移默化之下，眼界比其先前开阔了不少，通过这两日的诵读研究，以及结合实际，他发现逻辑学最大的好处就是明确概念。怎么明确？墨子认为：异类不必比，说在量。”如木与夜孰长，智与粟孰多，爵、亲、行、贾四者孰贵？几个概念不同类所用的量也不同。无法比较。但想要比较，也不是不可能，只要定与之比对的量了，而逻辑学就是很好的定下了数量、关系、性质、位置、时间、状况、属有、动作、承受。本体的自身独立存在，而其他九个范畴都必须依赖本体。通过分类，基于这个，他发现，这个逻辑学可以微微修改一下，向格物上靠拢也不是不可能的，这样一来，也避免不必要的麻烦。
这个想法与杨峥一说，立即获得了杨峥的同意，从今日一早开始，他就开始分明吸收这六本书中的精华，然后加以消化，从而提取公论、十伦论，下编论三段法，是各家关于逻辑问题的论述及对亚里士多德命题、三段论的解释，编辑成书，书最好是上下两册的那种，上策说的是五公论讲概念的种属关系和它的五种特性，解释的方法是按公元四世纪薄斐略所述亚里士多德范畴概念的：“五旌”之说“宗、类、殊、独、依”，即今所谓“属、种、种差、固性、偶性”的烦琐注释来分析的。后五卷的十伦是以亚里士多德范畴为纲，自立体、几何、互视、何似、施作、承受、何居、暂久、体势、得有，即为实体、数量、关系、性质、动作、遭受、地点、时间、状况，综合薄斐略以来“经院派”烦琐学者们的辩论写成的，增进了当时所谓范畴的辩论问题。
下策则是更多是说的是实际问题了，这些问题，加上众人的看法，溶入其中，多余理学格物靠拢，如此一来，这本学问书也算是披上了一件神圣的外衣，日后他人也好接受些。
这想法经过曾鹤龄说出，杨峥就同意了，但也提出了自己的要求，《工具论》最主要内容是形式逻辑，其中包括，同一律、矛盾律、排中律、判断、判断形式、三段论等，都是由亚里士多德首先规范的。早期教会是反亚里士多德哲学的，罗马教皇格里哥里九世时代改变了原来的方针，认为可以利用这一逻辑体系来修补基督教神学体系。这部书就是欧洲中世纪融合了亚里士多德逻辑体系的“经院哲学”的代表，对后世的欧洲文艺复兴的影响力是相当持久的。
能不能通过这门学问给大明注入新的活力，说到底除了学问的自身外，更大的则是直观的感觉，领悟了，而这些东西最快的来源地，无疑是书本了，所以对于曾鹤龄让逻辑学披上神圣的外衣，他是同意的，但不能光顾着披上外衣，从而忽视了真正的东西，所以他对这本书的要求极为苛刻，除了维持这部书达辞“艰深邃奥”外，曾鹤龄等人在提炼时需要反复琢磨，字斟句酌，整个提炼过程，要经得起考验，要有“只字未妥，含毫几腐；或片言少棘，证解移时”的一丝不苟的提炼作风，为大明留下了一批逻辑名词，如以直通、断通，及推通来译概念、判断与推论；以明辩，推辩，来译释演绎、归纳；以致知、致明、致用，分别来译科学、理论、实用等，不能局限于五年，十年，甚是二十年，最低限度五十年，再者，提炼之时，需要根据中国逻辑史上的名词名字，结合西方逻辑术语，把物理学译为形性学，数学译为审形学，形而上学译为超形性学，自然科学译为明艺，精神科学译为韫艺，逻辑学译为辩艺、名理等等，总之要准、细、严，否则不用也罢。
曾鹤龄本就是个认真的人，加上在翰林院编修了不好书，对于一本书如何提炼，如何编修，如何彰显内容，极有经验，除了融入了杨峥的几点要求外，还主动的加入了在翰林院编修时的经验，所以提炼这六本书的工作极为严谨。
杨峥与杨溥走进翰林院的时候，曾鹤龄等人已经开始着手了，杨溥随手拿起书稿，见字迹工整，各种理念都一一列出，难的事各种名词与眼下的理学词儿多有挂钩，不禁暗暗点了点头心道：“年纪轻轻，能有这份心思做学问，着实不简单的？”
这时曾鹤龄提着与众人商议提炼的书稿，走了过来给杨峥过目。
杨峥对此事极为重视，自是不含糊，细细看了一番，见提炼的内容并不少，语句显然是经过反复推敲，基本上达到了自己的要求，当然了缺点也是有的，一来这几本书太过深奥，许多需要详细解释的反而没解释，而比不要的多说，一看就明白的理论，却占据了大量的篇幅，对于这一点，他只好继续解说了一番，最后正色道：“此学实乃百学之宗，乃订是非之磨勘，验真伪之砺石，是万艺之司衡，灵界之日光，明悟之眼目，义理之启钥，为诸学之首需者也。诸君之努力，必为广开华夏百学之门，随此书永垂万世！”不可儿戏，我等须得拿出汉宋两代司马公写史书的态度来完善此书，为逻辑学在我大明开花结果，人人都明白逻辑治理，从而探求真理！”
“大人请放心，我们定会秉承司马公的精神，严谨著述，反复琢磨，字斟句酌，必须以‘只字未妥，含毫几腐；片言少棘，证解移时’的一丝不苟的提炼这本书，好叫大人满意？”
杨峥摇了摇头道：“你错了，我一人满意，不过是一人懂得逻辑学而已，我要的天下人，至少是天下读书人满意，所以这本书要让天下读书人满意，让他们看出这逻辑学的精髓，看出逻辑学的好处……，你们可明白！“
曾鹤龄毕恭毕敬的道：“卑职明白！“其他众人纷纷点头。
通过这些时日的接触，以及对逻辑学的研究，这帮年轻人早就退去了往日的那份骄傲，只觉得在掌院的面前，往日的所学根本不足以炫耀，这世间除了每日要诵读的四书五经外，还有哲学、文学、诗歌、建筑、机械、造船、美学、物理、法学、艺术、药学、数学、天文、修辞、语法……？除了大明所处的亚洲外，还有三大洲，七大洋，我们所住居的地方是一个球体上，它有几亿年的历史等等……这一切仿佛一记重拳，打开了他们久久封闭的那一扇窗户，让他们看到了一个与众不同的世界，他们惊讶，更多是佩服，这一刻他们才明白，原来学好了四书五经，中了状元，中了进士并不算一件什么了不不起的事情，比起掌院大人胸中所学，这一点不错是星火之光而已，因此对这位年轻而博学的掌管大人，人人出奇的敬重。
与杨峥又细细说了一番，这才将手中提炼的书稿重新下发了下去，继续做出斟酌，正要离开，忽想起了什么，又着过身来道：“大人，此书只怕用不了几日便可编织成功，若继续用《工具论》显然是不合适，用《逻辑学》倒是可行，只是我大明不知逻辑久矣，怕是难以吸引更多的目光，所以卑职想请大人取个书名。
杨峥想了想道：“进《穷理学》之书，以明历理，以广开百学之门，永垂万世”，并声称凡“学历者，必先熟习穷理之总学”，“穷理学为百学之宗，谓订非之磨勘，试真之砺石，万艺之司衡，灵界之日光，明悟之眼目，义理之启钥，为诸学之首需者也。我看就叫《穷理学》吧，不知阁老以为如何？“
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ps：传教士南怀仁见科学技术在中国残败没落，甚至过去明朝已经取得的成果都丧失掉，实在看不下眼去，于是他把过去明朝翻译编写的大量科技著作加以汇编整理，并略微补充了一些他自己的翻译和著作，编成《穷理学》，想呈现给康熙，并加以刊行流传。
就他的这部丛书，这部书本身也不是他的新著作，主要还是明朝翻译出版的书籍的汇集综合，按照他的想法，明朝的崇祯皇帝能热心鼓励赞助的书籍，他现在又加以整理汇总，让康熙过目一下，然后“镂板施行”，应该是没有问题的。毕竟明朝的崇祯组织人力对西方科技进行有组织有系统的大规模翻译研究（这在后文说明），现在不必要求你清朝再去这么做，那至少把过去已经做好的东西加以整理保存发扬流传，总不是太难的事情吧。然而他，却真的是热脸贴了冷屁股，碰了一个大钉子！被人称赞千古一帝的康熙，在这件事后，却没起到好作用，他也确实呢看了或者说翻了这部书，然后怎么样呢？他就把书很轻松地发还给了南怀仁！
在《康熙起居注》中有这样的记载：“上曰：‘此书内文辞甚悖谬不通’。明珠等奏曰：‘其所云人之知识记忆皆系于头脑等语，于理实为舛谬。’上曰：‘部复本不必发还南怀仁，所撰书著发还。’”
就这样，《穷理学》这套西方科技译著的丛书，就因为康熙的不待见，没有被刊刻，不仅没有刊刻，而且也没有能完整保存下来，只剩下残本，而残本中一大部分都是崇祯元年明代李之藻和耶酥会士傅泛际开始合作翻译的《名理探》。说起来写《康熙起居注》的那些御用的文人们，留下这段记录，本来是想作为康熙如何英明睿智的证据，现在却反成了康熙愚昧的记录，这一点不仅他们想不到，就是康熙只怕也想不到。
说起来，清朝也有机会发展西方科学的，在南怀仁还向康熙介绍《穷理学》和其他科学知识不久，随着清朝国内稳定后。
京师学术活动极为频繁。康熙十七年年，召征博学鸿儒，次年三月，在太和殿御试璇玑玉衡赋和省耕诗。康熙设立博学鸿词科，在全国范围内选拔了数十名学者，让汉人编修史书，以拉拢箝制汉族文人。璇玑玉衡赋竟然是试题之一，颇耐人寻味。璇玑、玉衡通常被看作中国古代的天文观测仪器，这使人联想到，康熙之目的可能是想借此考察汉人的科学修养，这与他的科学兴趣不无关系。此赋影响很大，当时入选的鸿儒，多把此赋收入自己的文集中。
连没有参加考试的梅文鼎，也大约在康熙二十八年到北京之后，拟作长篇璇玑玉衡赋，充分体现了其渊博的天文学知识，此赋被争相传抄，一时洛阳纸贵。所以，在某种意义上，此赋对推动历算研究起到了一定的作用。但参加博学鸿词科的学者无人精通历算，可以想见，这次答卷很难令康熙满意。康熙崇尚朱子，又对历算(历算作为实学)颇为重视。清初理学名臣精研性理，好治经学，而于历数亦多通晓。究其原因，和康熙之提倡有重要关系。
但这种良好的气氛，并没有维持多久，就发生了观星台事件，这件事说起来有些可笑，事件的主角名叫李光地的科学家，此人是福建人，康熙九年中进士，同年选翰林院庶吉士，康熙十一年授翰林院编修，十四年后任掌院学士。
又八年后，提督顺天学政，此后授直隶巡抚，任礼部尚书，升文渊阁大学士，名声显赫一时。他曾陷入官场之争，虽为官时有升降，但他能投康熙皇帝之所好，致力于学术研究，凡《周易》、音韵及朱子之学，皆有所好，曾奉旨编纂《朱子全书》、《周易折中》、《性理精义》诸书，提倡朱学，甚为得力。清初学术门户之争颇烈，如何在朱、王学说之间作出选择，以迎合时势之需，争论相当激烈。李光地在当时复杂的背景之下，实能揣摩康熙之心理，故深得康熙赏识，以至于康熙有朕知之最真，知朕亦无过光地者！之叹。
康熙二十五年春，李光地疏乞终养，请假一年，临走前，康熙特意召见李光地，谈论历算，特别是关于西方天文学，这是康熙和李光地讨论西洋科学的首次记载：
(上)又问：历法日月交蚀、五星留逆、凌犯，古人推得多错，其原安在？奏曰：历法不能不差，……即今历极精，然稍久亦当必差，所以要随时修正。上曰：古人七政各为度数，所以难于推算。今西洋人打几个团圈，大底三百六十，小底亦是三百六十，就能推算盈缩，这是他一点好处。……
上又问：西洋历法果好么？奏曰：其法先行甚精密，臣所取者其言理几处明白晓畅，自汉以来历家所未发者。看来西洋人学甚荒唐，而谭历却精实切当，此乃本朝历数在躬受命之符也。皇上戡平祸乱，功德巍巍，臣不敢赞。即制度文为有两事，足跨前古。上问：何事？奏曰：历法其一也。又满州十二字头尽合古韵，得天地之元声，亦从来所未及。
李光地为政之余，除研习朱子外，还对历算颇有爱好，与康熙的问对很有关系。康熙三十年年，梅文鼎到达北京，不久李光地就把他聘入馆中，以梅文鼎为师，网罗爱好历算的学生，形成了清初研究历算的集体，为康熙时代蒙养斋开馆、《律历渊源》的编纂培养了一批人才。他为什么对天文历算抱以如此大的热情，个中缘由，值得深思。让我们先考察李光地和梅文鼎在康熙三十年前后的一些活动。
1670年李光地考中进士，后经清初理学名臣熊赐履(当时任掌院学士)的推荐，得到重用。此后李光地升任掌院学士，这是通向大学士的重要职位。但是到了康熙二十八年五月，李光地却受到康熙批评，被调为通政使司通政使，实权有所下降。为弄清李光地降职之经过，有必要回顾在此前后康熙和李光地的一些活动。令人颇感兴趣的是，李光地的调职，与康熙二十八年，康熙南巡时在南京观星台的活动有一定关系。
事情经过是这样的，康熙二十八年，李光地扈从康熙南巡，二月二十七日在南京，为观测天象，康熙在一班大臣的护拥下到达观星台，李光地也得以随侍。李光地曾生动地记载了康熙在观星台的活动：
己康熙二十八年，上南巡。……予随驾至南京，果见孝感(按：即熊赐履)日中而入，上屏退左右，与语至黄昏始出。上问孝感：李某学问何如？曰：一字不识，皆剽窃他人议论乱说，总是一味欺诈。上曰：闻得他晓得天文历法。曰：一些不知，皇上试问他天上的星，一个也不认得。孝感才出，上便卒然上观星台。……既登，予与京江(按：即张玉书)相攀步上，气喘欲绝。上颜色赤红，怒气问予云：你识得星？予奏曰：不晓得，不过书本上的历法剿袭几句，也不知到深处，至星象全不认得。上指参星问云：这是甚么星？答以参星。
上云：汝说不认得，如何又认得参星？奏云：经星能有几个，人人都晓得，至于天上星极多，别底实在不认得。上又曰：那是老人星？予说：据书本上说，老人星见，天下太平。上云：甚么相干，都是胡说，老人星在南，北京自然看不见，到这里自然看得见，若再到你们闽广，连南极星也看见，老人星那一日不在天上，如何说见则太平。……上问淡人(即高士奇)：李某学问如何？曰：不相与，不知。