而朝廷也并不真的重视这些没有真正实力的光杆司令，轻易进退任免，被罢官杀头的多是这一类总督、巡抚。将帅分离，权实不符，实在是造成明末各个战场调度失机，指挥不力的一个重要原因。杨嗣昌就是要以武将统兵，就是想打破这种局面。
另一方面，明朝的军事建置基于一种消极分散防御的战略，全国的军队分散在上百个司令部里，统称为“标”。每一位将帅，上至总督（包括总理、督师）、巡抚，下至总兵、独立带队的副将甚至参将，都有一个自己的标，多则一两万人，少则千数人，将帅们真正指挥得动的就是标下这支队伍。
这种分散建置使得那些号称统军十几万的大帅在组织大型战役的时候，因为缺乏一个严密的分层指挥体系而八方掣肘，调度困难，更谈不上在战场上灵活机动地调动部队。
而杨嗣昌似乎很想对这种建置方面的弊病进行一些改善，但因为涉及到整个军制问题，也只能暂时用在各标以上再设一位大将的方式来增强全军的凝聚力。
杨嗣昌在军中设置统兵大将，实际上已经包含着对于明末陈腐军事制度进行改革的某种尝试。但是他知其然，不知其所以然，重病时下了一贴猛药，不知道这百年积弊，要改谈何容易？反而是造成了军心更加不稳。
其实这时候要选也要选威望最高的吴世恭。再怎么样，各路官军的主帅，还是最信服最会打仗的吴世恭的。而且吴世恭兵多将广，盟军也多，起码可以在河南、湖广控制住全部局面。至于吴世恭是否有异心，作为总理的杨嗣昌其实也可以就近监视、控制的，总比放任不管的好。
可是杨嗣昌对吴世恭也是不闻不见，而吴世恭也未参加襄阳军议，未给杨嗣昌任何面子，这样一来，与吴世恭有着仇怨的杨嗣昌和左良玉根本调动不了汝宁军，所以在之后的战斗中，根本借不到汝宁军的丝毫助力。
而崇祯皇帝对于杨嗣昌的各种请求差不多是言听计从，立即批准任命左良玉为平贼将军，把内府的大印派专员驰送前线。左良玉也确实颇为感奋，秣马厉兵，准备对张献忠大战一场，以雪前仇。杨嗣昌则并不急于发兵，而是积极整顿部队，调配力量，囤粮输饷，巩固后方，准备蓄力而发，一举取胜。
而此时崇祯皇帝对杨嗣昌的支持丝毫未减少。就是朝臣们在杨嗣昌督师亲赴前线之后，出于一种对大臣身临战阵的尊重，也停止了对他的各种攻击。只有兵部因为要同这位在外的枢辅不断地打交道，不免发生一些龃龉。
而杨嗣昌不断有兵饷方面的要求，兵部很难全部满足，而且有些事情是有制度成例的，兵部也不愿随意改动，破坏了规矩。崇祯十二年底，杨嗣昌疏劾兵部不任职守，妨害围剿大计。兵部尚书傅宗龙虽然是杨嗣昌推荐上来的，却对他的以势压人很不服气，就回了一本，说杨嗣昌“徒耗国家军资，不能立功报效，并以势欺凌朝廷大臣”。
可是崇祯皇帝对傅宗龙在关键时刻不能同督师同舟共济非常恼火，正巧兵部又在辽东用人的问题上有一个失误，就以玩忽职守、戏视封疆的罪名把他逮进监狱。刑部拟罪遣戍，崇祯皇帝不肯，大有置之死地之势。又一位重臣因为得罪了杨嗣昌入狱去了。
在罢免傅宗龙后，崇祯皇帝任用杨嗣昌一直极力推荐的陈新甲为兵部尚书。陈新甲是举人出身，在明代历史上以举人而任尚书的只有寥寥数人，因而正牌进士们很不服气。但陈新甲确实是个干才，思路又同杨嗣昌相近，因而在本兵任上对杨嗣昌给予了很大的支持。
有皇帝全心全意的信任，有兵部尽心竭力的配合，又有阁部督师的巨大权威，杨嗣昌就准备摩拳擦掌大干一场了。于是在这年年末，他在楚、豫、川、陕各省四处张榜，上面刻印着张献忠的头像，并下书赏格：“能擒张献忠者赏万金，爵通侯。”
可是榜文张出后不久，就有人在杨嗣昌行辕的大门上贴了“有斩阁部来降者赏银三钱”的传单，弄得杨嗣昌疑神疑鬼，以为身边尽是农民军的奸细。
但不管怎么说，杨嗣昌已经做好了充分的准备，于崇祯十三年闰正月，调集的各路明军正式对张献忠部发起围剿。
而在这时候，罗汝才因为受不了张献忠盛气凌人，已经同张献忠分手了。罗汝才此人江湖义气很重，纵然屡次被张献忠欺压、出卖，但最多也就是散伙，决不闹翻脸，也不出一句恶言。他一贯拿的一个原则是：“朋友们好合好散”、“留下见面之情”。于是罗汝才在与张献忠同好商好量，赔了不少笑脸以后，在竹山境内分开。
就在此种情况下，杨嗣昌围剿农民军的战斗正式打响了。
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