李从荣一家被杀的消息很快就奏报给了李嗣源，李嗣源一听，差一点就从御榻上掉下来，当场就晕了过去。醒来之后，病势又加剧了。
此时，李从荣尚有一子，因年龄还小，正养在宫中，诸将奏请将其除掉，李嗣源含泪言道：“从荣谋逆，此子又何罪之有？”但是，最终还是把他交了出来……
次日，冯道率群臣入见李嗣源于雍和殿，李嗣源泪如雨下，哽咽道：“我家事至此，真是羞于见各位爱卿！”
孟汉琼道：“为今之计，须得赶快接宋王回京，臣愿前往魏州迎接宋王。”
李嗣源点了点头，便以孟汉琼为魏州天雄军节度使，让其接替宋王李从厚，命李从厚速速回京，并颁诏追废李从荣为庶人。
执政重臣随后又商议李从荣属官之罪，朱弘昭、康义诚等皆主张：凡秦王府幕僚应该尽数诛杀！冯道却不同意，说道：“从荣所亲者高辇、刘陟、王说而已，任赞到官才半月，司徒诩有病告假已半年，怎会参与其谋？王居敏尤为从荣所恶，听说昨日从荣率兵出发之际，与高辇、刘陟并辔而行，从荣就曾指着上天说道：‘明日此时，王詹事已经被诛了。’由此可知，王居敏怎会是其同谋？怎能全部诛杀呢？”
朱弘昭道：“假使从荣攻入光政门，任赞等人当如何任用呢？而我等还能有命嘛？况且，按照律法，首犯从犯只差一等之罪，现在首犯已经被杀，若从犯皆不问罪，主上能不认为我等是在庇佑奸人吗！”
冯赟说道：“秦王谋反，其幕府众人也难逃其咎，但是，此事只是秦王与高辇之谋，其余众人罪不至死。”
李嗣源道：“冯爱卿之言乃是老成之见，诸位就照此议罪吧。”就这样，元帅府判官、兵部侍郎任赞、秘书监兼秦王傅刘瓒、从事苏瓒、记室鱼崇远、河南少尹刘陟、判官司徒诩、推官王说等八人全部流放，河南巡官李浣、江文蔚等六人勒归田里，六军判官、太子詹事王居敏、推官郭晙等贬官。
江文蔚本为建安人，一离京城，便逃奔吴国而去了。徐知诰久知其名，对其厚礼款待。
秦王败亡的次日一早，刘瓒即身着白衣令人驾好驴车，等待流放。侍从们大为不解，皆说道：“秦王待大人疏远，秦王造反又与大人何干？最多不过是免官而已，又怎会流放呢？”刘瓒叹道：“岂有天子冢嗣见杀而宾僚只是免官的呢？老身能够不死，就是大幸了！”诏命下来，果然是将其流放岚州。
两年后，刘瓒虽然又被召回，但行至石会关，就因病而逝了。
秦王一事，让李嗣源心力具疲，已然是油尽灯枯，只是硬挺着一口气等待宋王李从厚来京，然而，他最终还是没能挺住，十一月二十六日，李嗣源崩逝于雍和殿，享年六十七岁。
李嗣源虽出身夷狄，但为人纯质，宽仁爱人，与物无争，即位之时即已年过六十，即位之后，他曾一连几天都在宫中焚香祷告上天道：“我本是胡人，因世乱被众人所推；愿上天早生圣人，为百姓做主。”即位之初，即减罢宫人、伶官，废除内藏库，四方贡献财物皆归有司。广寿殿火灾，有司请加丹雘，李嗣源喟然叹道：“上天以火戒我，岂可再增加丹镬呢？”有一年稍旱，后来又天降大雪，李嗣源欢呼雀跃，命武德司不得打扫宫中之雪，说道：“此乃上天所赐。”他经常咨问宰相冯道等民间疾苦，一听说粮食布帛丰收，民无疾疫，则欣然道：“我何其有幸？当与公等多为百姓做好事，以报上天。”官吏若有贪赃，便重刑治罪，并道：“此为百姓之蠹虫！”还经常以诏书褒奖廉吏孙岳等，以昭示天下。在位七年，不近声色，不乐游畋，不到万不得已绝不兴兵，因而年年五谷丰登，百姓富足，五代之中，也算是小康之世了。
李嗣源驾崩后的第四天，宋王李从厚才抵达洛阳，当日即于明宗皇帝李嗣源柩前即皇帝位。时年李从厚二十岁，史称闵帝，改明年为应顺元年。
李从荣被杀之后，李从益生母王氏心中大为不平，一有机会就对人说“秦王冤枉”。朱洪实平秦王之乱有功，被加封司徒，其妻入宫看望朱洪实，正好被王氏撞见。王氏一见朱妻，就讥讽道：“你家夫君好功劳啊！”朱妻见王氏语气不善，便问道：“夫人何出此言？”