成祖永乐迁都北京之后，漕运特别重要，沿漕河所有州、郡都设有通判一员，每县设专管漕河的县丞一员，专任漕河事，受工部都水郎中的直接管辖。
但到了弘治年间，这些专职官员，多被各省府衙官员，委以兼职杂差，又因治理河道差事既苦，又难于升迁，多不尽其职。整个漕务，日益松弛，甚至无人过问。
王老大人奏请朝廷，采取了“核实人员编制，革除地方所谓兼差，责令专司河道本职。”的措施。经过整肃，漕务出现了新的局面。
其次是建立“稽核资财，杜绝贪耗。”的法规。原来漕河每年向民间征扫草数量十分巨大，县官通过征集，从中大量贪污，而每年所征扫草，陈新积壅，腐烂无稽，百姓负担却逐年增加。王大人亲自组织稽查、核对，先将各州、县所积扫草数量统计核实。经过计算，发现足够数年之用。然后量裁征数，做到了草不积腐，民不困征。
一年以后，又采取了年征十分之三，折银储官的新办法。二年后，竟还盈银三万两。
另外，当时不少州县随便动用河防木材移作他用，并从中贪污，王大人奏请皇帝下旨：“沿漕河州、县，不得动用河防专用木材，违者严加议处。”这样既保住了河防资财的专用，又刹住了贪污浪费之歪风。
因此事，王琼大人被称颂“秉公识体，力定毅足，说到做到。”？
王大人既对宸濠所为早有察觉，他在正德十一年，就特举王守仁出任赣南巡抚。被人称为军神和圣人的王守仁王阳明平定宸濠叛乱，王琼大人功不可没，第二年出任吏部尚书。
后来王大人来到西北，先是开禁了关闭多年，不许吐鲁番入贡的西域关隘，恢复了边疆地区民族间的正常往来与商业贸易。
他坚决反对闭关不通往来的政策。他在奏疏中说：“绝贡非宜，往和非礼。”又主张“顺则抚，勿过抚，以纳侮；逆则拒，勿深拒，以穷兵。”
但是他对无故劫掠的行动，坚决主张给予打击，如对进犯宁夏劫掠临洮之寇，则采取剿抚结合的办法加以解决。
王琼总制三边数年，抚哈密，保障北边，又集兵讨若笼、板尔诸番，斩三百六十余级，抚降西番七十余族，以功最加太子太保，西北边境益。
同时，他总结了历代宁边之得失，并搜集了所有条例、奏疏。图舆，编著了《西番事迹》和《北边事迹》各一卷，在北九边传阅。
王大人战功卓越，而且文采甚好，嘉靖七年，王大人七十岁，他在西征途中路过金城，曾偕彭泽登兰州望河楼。作七律：一上高楼兴欲飞，皋兰形势宇中稀。
河湟自昔通漕挽，羌虏从今息是非。
万壑风云秋气肃，蔽川族旗雨声霏。
拆冲旧属吾儒事，坐定康居振旅归。”
诗文豪放、坚毅的气势，为国安边，责无旁贷的气概，跃然纸上。
陆炳听到黄杜贤说，王琼大人病危，心中痛惜，同时也明白了，为何小王子耍了这么多花招，在大明的北地边境跑了两圈，最后还是要打榆林。
有王琼大人在的时候，王大人的威望和手段，小王子没有把握讨得好去。如今定是得了消息，料定王琼老大人，已经无法把持大局，才敢来此放肆。
去年，王老大人身体不适，皇上体谅王老大人年事已高，调王老大人回京任吏部尚书。
但是老大人心系北边，一定要安排妥当，和新任总制交接好才肯回去。
结果陕西接连受灾，百姓困苦，朝廷派了唐龙来，王老大人也不忍就此离去。