薛云任命薛破虏为台湾总督，负责整个台湾的军事事务，负责薛家军在台湾的军队管理，逐步扩招台湾本地的轻壮，长涂岛方面也会加大对台湾的移民，这些移民也是薛家军扩军基础，薛云给薛破虏的任务是两年编练三万新薛家军，准备把西班牙人和郑芝龙是十八芝赶出去，一举统一整个台湾岛。
然后就是成了台湾科学技术院，安排武伯的长涂岛造船厂迁入合江内海，给陆伯的扩大火药厂的规模，在平埔番地区推行购买土地建立汉民寨堡，大力先进农业技术，鼓励薛家军士兵和汉民与平埔番、高山番通婚的奖励制度，原则上尊重台湾部落文化和体制的蚕食政策。
薛破虏就任台湾总督之后，命令薛家军余四部挺进到台中嘉义诸罗山社东面立寨，北控云林，东方监视高山番，西面牵制魍港的郑芝龙十八芝海盗。
纪天恩所部南下占领高雄、屏东，把整个台中、台南的平原地界都联系起来，成为薛家军在台湾的大本营，只是对东部的高山番部落采取了防御姿态，视高山番的反应再作出相应的对策。
就在余四、纪天恩大军出发的第五天，也就是四月十七日，薛云从大员大港准备随第二舰队出发返回长涂岛，薛云没有要已经有些出怀的丽雅女王起来送行，但是薛云上了“黄河号”旗舰，还是召见了彭郎君、刘奔、武大海、连熊伟、罗二娃、张三柱、游千总、方千总、陆伯等人，对这些人分别进行了叮咛，又一再提醒大家注意西班牙人和魍港海盗的动向。
就在薛云临行的时候，薛破虏拿出了台湾科学技术院的第一份成果，就是薛破虏私下要求赶制的台湾皇宫制造图，薛云从薛破虏手中接过台湾皇宫制造图就乐了，这个台湾皇宫制造图修出来的规模超过了大明北京的紫禁城，薛云心说这薛破虏也是一个好大喜功之人，要是让他这样搞薛家军的财政非破产不可，说不定还会因为劳民伤财，激起移民和台湾原住民的不满惹出多少乱子来。
薛云说道：“二叔，现在天下未定，只要有个住的地方就行，这个建造皇宫一事就罢了吧。”
薛破虏说道：“少爷，礼不可废，如果不修建皇宫，莫说夫人们过来没有住处，将来称王称帝也要有个地方才是。”
薛破虏话音刚落，彭郎君、刘奔、武大海、连熊伟、罗二娃、张三柱、游千总、方千总、陆伯等人纷纷附和，一旁随薛云准备离开的王二娃、武洋也跟着附和，不过薛云的头脑还是非常冷静的。
薛云说道：“台南不是我薛家军最终定都之地，台湾北部的地形不错可以考虑，那也是便宜之计，富贵莫如还乡，台湾再好也比不过北京的紫禁城，在台南修建皇宫一事就不要再议了。”
薛破虏说道：“少爷，夫人们来了下榻那里呢，你好歹修一个行宫嘛。”
薛云想了想看了看图纸说道：“二叔，就照着这个图纸的中间那一小块修吧，不过房屋不要修饰，山水保持原样进行，千万不要铺张浪费，我们薛家军还没有到享乐的时候啊。”
薛破虏同众人只好同意，于是薛云再嘱咐了一遍海防建设和区别对待平埔番、高山番的事情后，让薛破虏一干人等下了“黄河号”三桅战舰，随后武洋发出信号，整个薛家军海军第二舰队和薛家军商船队六十余艘扬帆北上。
整个薛家军舰队缓缓北上，四月二十一日中午，薛云率领的舰队靠在了大长涂岛海码头，薛云安排王二娃带领一千挑选的精锐士兵去军营驻扎，自己被燕三娘来码头接走，回到燕三娘的住处，午饭已经安排好了，如梦、若怜、雪儿、云曦、崔爱有等在那里了。
薛云跟在长涂岛上的妻妾吃了一顿团圆饭，然后识趣的如梦、若怜、雪儿、云曦、崔爱五人自动隐退了，薛云同燕三娘进了办公的密室，薛云看了看室内四周，自己走了半年没有丝毫的变化，这让薛云感觉发现的温馨。
燕三娘说道：“弟弟，你准备什么时候启程去蒙古。”
薛云想了想说道：“还是在长涂岛留几天吧，毕竟还有一些事情要处理。”
燕三娘说道：“徐元朗徐大人来信问，今年朝鲜新败，跟建虏结了盟，问薛家军还能不能护航杭州城商队去朝鲜贸易。”