西班牙菲律宾总督科奎拉，在得知台湾岛北部的西班牙军队遭到明朝军队，攻击时，这个疯狂的侵略者暴跳如雷，觉得是执行入侵明朝计划的时候了，科奎拉制定了于征服明朝先占领台湾的计划，立即在占领地吕宋、苏禄国招收仆佣军参战。
到八月初菲律宾总督科奎拉征召仆佣军五千人，由五百西班牙军人率领其中的三千仆佣军，眼台湾岛东面绕行抵达北面的鸡笼港，与在哪里跟明朝军队作战的西班牙军队会合，这下子西班牙上校佛郎西斯科牛了起来。
佛郎西斯科上校在台湾北部一个有三千多武装力量，主要盘踞在鸡笼的圣多明各城，以圣多明各城向南发展，还收编了一批台湾土籍部落，不久之后台湾南方大员发生了明朝官军跟尼德兰（荷兰）人之间的战斗。
荷兰人的强大佛郎西斯科上校是心知肚明，他准备等明朝跟荷兰人两败俱伤，那时候西班牙军队才出来坐收渔人之利，因此佛郎西斯科上校严令自己的军队不得南下，以免刺激明朝和荷兰人双方，破坏了自己的如意算盘。
哪知道仅仅半年荷兰人就败走了，这时佛郎西斯科上校才如梦初醒，知道收渔人之利是没有了，这荷兰人怎么这样怂包，早知道就应该跟荷兰人联合打败了明朝军队，现在让佛郎西斯科上校面对强大明朝还是心里发慌。
不过荷兰人败出台湾大员后，就有源源不断的消息传给佛郎西斯科上校，说明占领台湾岛的明军，只是明朝一个总兵的私军，而且关于这个明朝私军“薛家军”的情报也远远传来，佛郎西斯科知道是明朝海匪十八芝传来的，佛郎西斯科上校暗暗嘲笑这些明朝人就是喜欢窝里斗。
佛郎西斯科上校本来对东方古国明朝就看不起，不过大明朝烂船也有三斤钉，海上强国葡萄牙几次进攻明朝都折戟而返，所以西班牙菲律宾总督科奎拉海上非常顾忌这个庞大的古帝国，现在台湾岛仅仅是一支明朝地方军阀的私军，没有了明朝这个古帝国支持，佛郎西斯科上校对打败薛家军占领台湾岛充满了信心。
于是佛郎西斯科上校一边向菲律宾总督科奎拉汇报台湾岛的情况，一边开始加紧了对台湾南面的占领，终于在今年的六月同南边的薛家军发生了武装冲突，持续的战斗让佛郎西斯科上校的部队死伤了上千人，明朝薛家军的战斗力让佛郎西斯科上校刮目相看，如果不是菲律宾总督科奎拉同意了他的计划，并排来了一千八百名士兵（西班牙士兵六百、菲律宾地区仆佣军一千二百人），佛郎西斯科上校可能准备求和了。
得到了援军的佛郎西斯科上校，就跟薛家军在新竹、宜兰一线打起了持久战，亲自上阵的佛郎西斯科上校见识了薛家军的手雷、炸药包和前膛枪，才知道这支明朝的薛家军热兵器并不输于自己，西班牙王国的火枪只是在射程和命中率上有一定优势。
这时的佛郎西斯科上校才知道碰上了硬茬，一面继续向上司菲律宾总督科奎拉求援，一面向台湾北部的平埔番、高山番结盟示好，游说平埔番、高山番的部落协助西班牙军打败明朝薛家军利益共享。
佛郎西斯科上校的努力没有白费，八月底到来了菲律宾方面援军三千五百人，还有二十艘中等战舰，菲律宾总督科奎拉约佛郎西斯科上校九月上旬共击薛家军，南线西班牙军出动二十五艘战舰，西班牙正规军一千人，仆佣军两千人，另有一千海军火枪队。
佛郎西斯科上校认为上司菲律宾总督科奎拉的计划太伟大了，于是佛郎西斯科上校组织了自己的两千嫡系和一千多部落武装，共计六千八百多人，平推着至新竹、宜兰一线待命，在九月初六日对薛家军发起了总攻，
薛家军经过短暂战斗后撤退，佛郎西斯科上校认为胜了，下令全军追击薛家军，在九月初七日伴晚，佛郎西斯科上校率领的西班牙联军，被三万薛家军和台湾部落民军包围在台中地区，接下来就是一场残酷的攻防战。
好在有台湾科学技术院的技术支持，陆伯扩大的火药厂得到京城王恭厂师傅的火药新配方，在炸药包的威力和火统的射击距离都大有进步，这次被薛破虏带到了台中，特别是高爆炸药包成了炸垮西班牙军队的利器。
薛家军对西班牙军队四面围攻，不断啃掉西班牙的小股队伍，这时薛破虏得到西班牙海陆军在高雄登陆的消息，台湾岛上薛家军面临南北夹击，薛破虏一面命令纪天恩所部在占领高雄、屏东一线严防死守，一面命令连熊伟所部抽调队伍支援。