十月二十五日整个台湾大员海战中，薛家军海军七成军舰严重带伤，其中损失战舰十三艘，损坏战舰十一艘，所谓损坏战舰就是靠上海岸战斗的舰船，不是停靠在浅水沙滩的话，也必然会沉入大海，薛家军海军比较幸运的是三艘“华山号”“衡山号”“恒山号”三桅战舰基本上完好。
薛家军海军参战人数达两万人，阵亡将士达到两千多人，失踪近一千人，负伤三千多人，这还是因为薛家军海军是本土作战，大批海军士兵被岸上陆军战友划小船救起，不然伤亡数字还要增大许多，而岸上荷兰王城、“威远城”、“平南关”参战将士也有数百人伤亡，就连满刺加国参战士兵也牺牲了九人。
薛家军海军伤亡惨重，不过西班牙海军损失也不小，二十五艘军舰有五艘战舰沉没，因为是客军没有足够的救援，五艘战舰上的西班牙海军几乎全军覆没，其他二十艘军舰半数被薛家军的“燃烧弹”燃烧。
薛家军的“燃烧弹”含义特别助燃物体，用海水根本无法扑灭，唯一的办法只能是阻燃法隔断空气，可惜西班牙没有沙土掩埋，仅仅靠棉被、湿布救火，效果实在是难以恭维，最后连棉被、湿布都燃起来了，加上海上风大助燃西班牙海军战舰被烧得损失惨重，最后西班牙海军舰队被迫退出了海战就是为了去灭火。
根据薛家军海军估计，西班牙海军舰队有士兵六千人左右，士兵伤亡应该在两千四五百左右，考虑西班牙海军五艘战舰沉没几乎没有士兵逃掉，西班牙海军阵亡士兵不会低于一千五百以下，让薛家军海军感到满意的是，西班牙海军的两艘三桅战舰烧毁严重，基本上可以确定这两艘三桅战舰很长时间都不太可能参加海战了。
这次薛家军海军同西班牙海军海战之后，在台湾再没有发生这么大规模的海战，后来从西班牙俘虏军官哪里得到此次海战的秘密，此次海战西班牙海军参战将士只有不足五千人，其中还有一千不同程度的伤兵，这都是西班牙海军肆意参加陆战的报应，使得整个西班牙海军舰队的作战能力只发挥了七成，最终没有取得台湾大员海战的胜利，当西班牙海军舰队退回高雄港后，奇缺的海军水手和划桨手，使得整个西班牙海军舰队再也没有人员把军舰开出港口了。
薛云没想到薛家军在台湾跟西班牙殖民者的仗打得这么大，西班牙殖民者投入的兵力已经大大超过薛云对这段历史的认知，不过薛云相信西班牙人已经是黔驴技穷，西班牙菲律宾总督科奎拉再也动员不了多少战争资源了。
燕三娘红着眼圈说道：“夫君，想不到这些洋鬼子的战斗力这么强，薛家军从来没有没有受到过这么大的损失啊，唉，要是西班牙倾国来战怎么办呢。”
薛云说道：“西班牙虽然是欧洲强国，可是跟我们大明简直没发比，欧洲、南洋一些小国，西班牙只要几百火器兵就可以灭国，可是面对我们薛家军已经损失近万联军，其中西班牙本土士兵阵亡应该超过四千，现在整个西洋地区西班牙人是捉襟见肘，当地的百姓也会趁机起来反抗，就是西班牙本土再调兵支援，有我们薛家军在西洋发挥作用，西班牙人在东方称霸的梦想已经破灭了。”
燕三娘说道：“夫君，你的意思是让西班牙占领地区人民起来反抗，这样他们跟我们薛家军合作，把西班牙侵略者赶出整个西洋去。”
薛云笑了笑说道：“姐，这次西洋当地土籍反抗西班牙人，只能是让他们跟西班牙人互相消耗为目的，让西洋土籍跟西班牙人两败俱伤，他们任何一方的强大都不符合我薛家军的利益。”
燕三娘惊异的望着薛云，薛云摸着下巴尴尬地说：“姐，没办法，西洋土籍和西班牙人只要有一方腾出手脚来，一定会贪图大明的锦绣河山，这岂不是前门拒虎后门进狼吗。”
燕三娘说道：“弟弟，人家西洋百姓还没有做任何得罪我们大明人的时啊，你是不是有些过滤了。”
薛云说道：“姐，非我族类其心必异，对异族能够同化就同化，不能同化的就必须彻底干净的消灭，不过最好让他们先自相残杀一阵再说。”
燕三娘说道：“这次薛家军在高雄凤山战斗中缴获了近千支快枪，看来年后抽调三千支新式快枪没有问题。”
薛云这次赶到江南来，除了要见魏忠贤一面，就是跟燕三娘讨论未来几年大明形势，其中特别是江南薛家军的发展方向，以及台湾统一及东西洋的战略构想，还有一件事就是为了远征土谢图汗部，需要调拔最新式快枪二到三千支，这是薛家军远征土谢图汗部能不能取胜的保证。