崇祯九年十二月二日，皇太极以朝鲜大王李倧拒不接见大清使团，不接受其国书，朝鲜使臣罗德宪、李廓参加皇太极在沈阳正式举行的称帝大典拒不下拜为由，皇太极派济尔哈朗守盛京，阿济格、阿巴泰守辽河入海口以遏薛家军、明军，令多尔衮、豪格分统左翼满洲、蒙古兵，从宽甸入长山口；户部承政马福塔等率兵三百人突袭朝鲜王都，多铎、岳托等人率数千兵马接应，皇太极亲自与大贝勒代善率其他各路人马共十二万大军征伐朝鲜。
清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南下，仅仅十二天便抵达朝鲜京城下，京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”；朝鲜大王李倧再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官退守南汉山城，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判拖延时间，等待各路勤王军的到来，。[
这时朝鲜大帅张晚已经病逝，出任主将的李贵一面率领四万大军勤王，一面向在旅顺的薛家军求救，因为是兵马万户伊朝芳的防区被建虏突破，急于将功赎罪的伊朝芳未到朝鲜京城，就被岳托、豪格消灭了，吓得李贵率部躲回平壤再也不敢出城。
李贵、伊朝芳的人马是朝鲜最精锐的，现在李贵、伊朝芳的人马一败，整个朝鲜根本没有能跟建虏一战的军队，各路勤王军都畏惧不前，崇祯十年正月，清兵先后击败全罗道、忠清道等地的援军后，朝鲜大王李倧真心向清军求和。
皇太极恐朝鲜再次反清，遣多尔衮袭破江华岛，俘虏朝鲜王妃、王子、宗室、群臣家属，皇太极要求朝鲜大王李倧出城投降，朝鲜大王李倧得知江华岛失陷，知道大势已去只好求和。崇祯十年年正月三十日，朝鲜大王李倧脱去王服改穿青衣率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营向皇太极行三跪九叩之礼请罪。皇太极降旨赦之。
双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝为正朔，定时贡献，并送质子二人。此外朝鲜大王李倧亲明反清的主要人物弘文馆校理尹集、修撰吴达济及台谏官洪翼汉缚献清军，三人后来在盛京被建虏杀害。
满清和朝鲜双方签订和议：朝鲜大王李倧以长子李溰、次子李淏赴清朝作人质，每年黄金百两、白银千两、水牛角二百对、貂皮百张、鹿皮百张、茶千包、水獭皮四百张、青黍皮三百张、胡椒十斗、腰刀二十六口、顺刀二十口、苏木二百斤、大纸千卷、小纸千五百卷、五爪龙席四领、花席四十领、白苎布二百疋、绵绸二千疋、细麻布四百疋、细布万疋、布四千疋、米万包。
满清还不满意，将五十万朝鲜人作为俘虏押回国充作奴隶，并掠走朝鲜大量物资，后来朝鲜大王李倧向满清支付赎金赎回了一些人；朝鲜被迫与明朝和薛家军断交，接受满清的册封，成为清朝的藩属国，皇太极命令朝鲜出兵旅顺，朝鲜大王李倧出战船五十艘协助满清攻打旅顺的薛家军。
旅顺的薛家军得知建虏进攻朝鲜，还是捐弃前嫌出兵助战，陆要金、左明、游参将出兵辽东，阿济格、阿巴泰率领正黄旗、正蓝旗固守，薛家军虽然小有斩获，却不想朝鲜已经向满清投降了。
现在杭州、台湾的援军没有到，陆要金、左明、游参将只好退回旅顺，与海军北海舰队互为犄角，崇祯十年二月十六日，阿敏派哈尔根通知陆要金，皇太极回师很可能攻打旅顺，陆要金问起哈尔根阿敏为什么还不举事，哈尔根以阿敏准备不充分推脱。
闻香教大元帅徐三姐逃至蒙城，遇到了侄女玉女圣剑率领的队伍，徐三姐对闻香教的事业已经心灰意冷，表示愿意归顺侄女的明教，玉女圣剑明确表示自己已经依附于薛家军了，徐三姐顿时明白侄女已经接纳了薛云，不由得暗笑迂腐，早几年干什么去了，如今的薛云是妻妾成群，连自己都偷吃了，想到侄女将来从了薛云，自己是跟薛云还是不跟薛云，要是跟薛云的话，那可是姑侄同侍一夫，还是让人觉得很难为情的。
玉女圣剑带着徐三姐徐徐退去，河南副将陈永福追至宿州宿水，被薛家军乔国梁，宋奎、刘满囤、牛三、马涛部四面杀出，玉女圣剑、徐三姐也回师反攻，薛家军、闻香教一万四千人对明军陈永福五千，整个战斗没有丝毫悬念，陈永福损失了过半人马，逃到了中都凤阳城，崇祯十年正月向刚刚到任的凤阳总督史可法求救。
凤阳总督史可法一上任就盯住了蒙城、宿州一带的明教，可还没有来得及动手，河南副将陈永福就做了试刀石，整整损失了两千多人，这还是薛家军怕震动太大，并没有宜将剩勇追穷寇，不然陈永福就算不被俘虏，多半也是个光杆司令了。
不过陈永福的兵败，让凤阳总督史可法彻底认清了，自己境内这支明教教军的真实身份，这分明就是暗藏在凤阳府的薛家军，史可法意识到问题的严重，一边悬兵勒马备战，一面上奏崇祯皇帝要求清剿薛云的在大明的军事势力。