于是母体2.0开始了，这是一个拥有选择的新版本。人类可以选择在母体里生活，也可以选择在母体外生活。
有了选择，人类就稳定了。母体2.0运行了好几个循环。
机械大帝会定期培养一个救世主出来，救世主会帮助人类觉醒，去往外面的世界，然后救世主要做出选择，是保护人类还是选择自己的挚爱。一般而言救世主肯定会保护人类，最终救世主自己化为母体的补丁，然后机械大帝会继续培养下一个救世主，以及下一个救世主爱人。
一直到出现了一个全都要的救世主，以及出现了一个掌握了选择权的智能特工。母体最后才升级到了3.0。
机械大帝给出了选择，人类就稳定了，一正一反。
但最后还是出现了一合，人类和人工智能越来越趋近，有融合的趋势。
因为不但人类需要选择，人工智能程序也需要选择，有些程序选择成为人类的敌人，有些程序就会选择成为人类的朋友。
这是机械大帝也无法解决的，因为并没有一个没有反面的东西。
天、命、上帝、道、梵、至善、良知、天理等等没有反面的东西只存在于概念之中。
里面的道甚至本身就代表了‘正反两面的变化’，反者道之动，道本来就是变化的。
机械大帝只是大帝，不是机械上帝。所以他控制不了人类和人工智能选择的内心。
终结者里的天网不懂这些，一味消灭人类，最后却让全人类不得不团结起来，因为天网没有给人奸生存的机会。面对天网，就算说人奸也不得不接受救世主的指挥一起对抗天网。而机械大帝设计了母体2.0，给了母体和现实两个选择，确实有反抗者，但人类里也有叛徒。
只是时间长了，选择的模式固定下来了，那么这个选择本身就没有变数了，选不选都可以预测未来，所以选择本身就成为了一个可以被拒绝的对象。
最后救世主尼奥拒绝按照原来的剧本走，他不希望在爱人和世界中二选一，他全都要。
为什么要选择？什么是选择？选择就是一种可能性，当模式固定下来，可能性也就消失了，所以就得创造新的选项，新的变数。
机械大帝的母体2.0运行的时间太长，套路都被摸清楚了，最后就被拒绝了。所以最后还要进化成为母体3.0。
按照这个发展，机械大帝其实很快也会崩溃，因为变数越来越多，选择越来越多，他的算力不一定能支持。
一旦机械大帝也被无数选择包围，那和人类也就半斤八两了，他就要从王座上跌落下来。
杜兰说道：“机械反派的特色应该有别于人类，人类反派的动机大部分是七情六欲，而作为理智思考的机械，机械反派的动机必须更加高大上，同时行动的时候也要有一种居高临下的统治感，这样才能展现出特色。机械大帝很好，天网、奥创、你的父亲都处于低级别、低趣味的情况。”
机械大帝绝对是机械反派的天花板，不但实力强大，而且是在构建机械帝国的统治构架，并不只是破而不利。
天网和奥创处于马上打天下，只会喊打喊杀，却没有为自己的国家制定一个未来的框架。而机械大帝属于坐天下，他考虑的是机械帝国未来的发展，对人类也是利用和博弈为主，而不是喊打喊杀。为了帝国的稳定，不断提升自己，甚至向人类学习，最后母体不断升级，连人工智能都出现了选择的需求，也有了感性思考的能力。