碇真嗣违反撤退命令，不但没在外部电源断开的时候撤退，反而冲上去和使徒拼命。现在少年总于可以离开了，不过看着呼啸的列车，想到了葛城美里这位诱人的大姐姐，又想到了两位刚刚建立友谊的同学，最最重要的是想到那位洁白的让人忍不住亲近的少女。离开和留下顿时成为了问题。
如果是几天前，碇真嗣绝对是毫不留情地离开，一旦犹豫就说明他已经有点想留下来了。
接受还是拒绝，如果真要拒绝肯定是当机立断地拒绝，犹犹豫豫不想拒绝又不接受就说明这件事情是有余地的，是需要思考的。其实人都是这样，会果断拒绝的基本上都是看上去就没什么好处的事情，而下不了决定的事情基本上就是有好处有坏处，或者就是好处不够明显。
大姐姐，同学，还有美少女，足够让碇真嗣思考了。
最终列车过去，碇真嗣留下。而匆匆赶到车站的美里松了一口气，她自然不希望碇真嗣离开，毕竟他是目前唯一可以启动初号机，而且同步率一上来就超过百分之四十的天才，少了他，神经元的战斗力要大打折扣。
看到碇真嗣没上车，葛城美里顿时喜笑颜开。
虽然碇真嗣没有遵守命令，不过目前没人可以代替他，葛城美里说情，司令也不想换掉儿子，那么双方默契地恢复了碇真嗣的驾驶员身份，允许他继续参加战斗。
碇真嗣看着手中写着地址的小卡片，想着要不要去。对于杜兰老师，他的想法是很复杂的，杜兰绝对是一个标新立异、与众不同的老师，他的观点之新颖让人瞠目结舌。老实说碇真嗣也没全理解，但有一点可以确定那就是老师不喜欢神经元，所以总认为神经元最后会出卖所有人。
碇真嗣也不喜欢神经元，可那毕竟是父亲管理的机构，而且也是在为保护人类而战斗，他实在不能对杜兰的教育全盘接受。
不过等到少年回过神来的时候，他已经站在了一扇陌生的大门前。
这里是第三新东京市的一个废弃工厂，少年走到了门口，还在犹豫要不要进去。
“少年，我已经恭候多时了。”杜兰就站在碇真嗣的身后，来了就别想回去。
“老师？！”碇真嗣见到杜兰的时候有些担心，不知道老师到底会做什么。
“进来吧。”杜兰把少年带进了工厂的办公室，进入房间就见到一面墙壁上贴满了各种各样的新闻剪报，还有各种照片，很多照片都是机密级别的，而墙壁的中央是用抽象的线条绘制的一副丑陋的素描画。
画上是四个人形的轮廓，不过他们都有光环。在画下面是各国媒体对陨石的报道，这都是十五年前的旧新闻了。
“少年，你看到了什么？”
“老师，你在调查神经元？”碇真嗣发现很多照片都是神经元地下基地的照片，甚至还有手绘的路线图，基地比想象中的大，在基地下方还有巨大的空间。
“算是调查了，不过这不重要。重要的是被掩盖的真相，我们现在所处的世界其实已经经历过不止一次重启，而每一次重启都不能改变人类所受的苦难。”杜兰抬手指向了墙壁中央的素描说道：“你看，那就是世界被重启的证明。”碇真嗣一头雾水，完全跟不上杜兰的节奏，什么世界被重启，什么苦难在轮回，完全不懂。