多尔衮日忙夜忙，他一边指挥大清将士对关内的统一战争，一边开动整个国家机器，力图使其正常运转。
在政治体制上，多尔衮觉得无法完全采用在关外时期的一套来治理如今这样庞大的国家，而是接受了明皇朝的现成制度，并且任用所有明朝的叛将降臣，因而十分得心应手。在中央机构中，仍以六部为最重要的国家权力机关，尚书皆由满人担任，但王贝勒亲理部事的制度却在入关前夕废除掉了。到顺治五年，多尔衮于六部实行满汉分任制度，命六汉人侍郎任汉尚书，但其地位要低于满尚书，金之俊对此曾表示不胜感慨，更不胜恐惧。
多尔衮力图表现得比较开明，因此除原有的都察院之外，六科十三道也保留了下来，并一再鼓励官员犯颜直谏。总的来说，中央机构中虽承明制，但也保留了某些满族特有的制度。除满官权重这一点外，还引进了议政王大臣会议、理藩院等机构，其内院的权力比起明代的内阁要小得多，并对原明臣试图增大内院权力的努力加以压抑。地方机构不同一些，由于新朝急需用人，所以普遍任用了降清的汉官。如多铎克南京后，把南下途中招降的明将吏三百七十二人分别任命各级职务。洪承畴总督江南军务后，也一次推荐旧官一百四十九名，这些都得到多尔衮的批准。多尔衮把明朝遗留下来的国家机器全盘继承下来，乃是为适应清朝以少数民族入主中原而施行的明智之举，但急于补缺，宽于任人，难免把明皇朝的弊习带到新皇朝来。
对于吏治，可以说多尔衮是加意整饬的。明代胥吏之弊遗留入清，多尔衮曾批示：“衙役害民，从来积弊。如果有巨奸，即加重治，严禁重蹈明朝故辙。”