得到了夏干道馆的徽章后，小智一行人便踏上了新的旅途。小茂为他们定下的登陆点是金柑岛，金柑岛是橘子群岛中最有名的商业都市，而且以乘龙的速度和体力，完全可以到达那里进行调整。
小智他们当然是无条件的相信着小茂的，小智一行人就冲着金柑岛快速前进，当然几只水系小精灵还一场有活力的在掐架。小智那是一脸的羡慕，毕竟他和皮卡丘已经饿的前胸贴后背了。
看到小岛了，小智立马活力四射，小岛啊，有岛就有饭了啊！乘龙全速前进着，然而就在小智他们兴高采烈的奔着金柑岛而来的时候。金柑岛内，某个地下秘密基地里，一男一女正盯着小智一行人，笑的不怀好意，又有新的猎物了。
两人正是火箭队的干部，小三郎和亚马多。之前被小智他们丢到监狱里，要不是有老大的保释金，指不定他们要在监狱里蹲多久呢。这一次动手居然碰到他们，当真是冤家路窄。他们一定要将他们手中的小精灵都拿过来，以报他们上次蹲局子的仇。
要说小三郎和亚马多也真的是有些点背，平时做任务，那是一等一的稳妥，不然坂木也不会特意花钱去将这两人捞出来。但是遇到小智他们，就一定会遇到武藏和小次郎，遇到他们之后，就跟衰神附体一般。总是出错，本身就气场不和，这就导致亚马多和小三郎对小智他们的怨念，深沉到一定地步。
没多久，小智一行人就登岛了，将乘龙收回到精灵球内。正打算去找吃饭的地方，却听到不远处，有人喊着“别这样，雷电球。”“怎么了，小磁怪？”等话语。
转头便看到，臭臭泥和小磁怪正在攻击两个少年，小智当机立断让皮卡丘去救人。但皮卡丘刚踏入对方不远处的地方时，突然停了下来，小智急忙问道“皮卡丘，你怎么了？”
皮卡丘转过头，一脸凶恶的看着小智。皮卡丘从未用过这种眼神看过小智一行人，就在小智不理解皮卡丘怎么了的时候，波克比，伊布也受到了影响。
路卡利欧脑袋一晃，脚步就要往前踏。却被超梦拦住，衣服无风飘动着，路卡利欧因为超梦的帮助下，脱离了控制。
有超能力系的小精灵在暗处，控制它们。超梦本身就是超能力系和格斗系的结合体，在皮卡丘不对劲的瞬间就察觉到了这一点，但没打算动手。可当路卡利欧也被控制了，超梦觉得自己有些不爽，在它眼皮子底下控制路卡利欧？超梦冷哼一声，将事情告诉了小茂。
人类太多，它不好动手解除对方的念力。只能交给小茂，况且那被人控制的小精灵中，也还有他的小精灵在。路卡利欧被超梦拉到自己跟前，搂在怀里。因为不能暴露超梦的存在，还要保护路卡利欧不受控制。路卡利欧尴尬的被超梦抱在怀里，虽说晚上它们睡觉的时候，经常被超梦抱在怀里，但在这么多人情况下抱着，却是少数。
超梦搂着路卡利欧，突然觉得那个胆敢控制路卡利欧的小精灵，也没那么讨厌了。当然，死罪可免，活罪难逃。自己都没试图控制过路卡利欧，它算哪根葱？
小智试图去拉皮卡丘，去被皮卡丘以电击的方式警告着，不准上前。小智现在就跟锅上的蚂蚱一般，根本就冷静不下来。皮卡丘是他的初始小精灵，虽说听了小茂的话，将注意力放在其他小精灵身上一些，但皮卡丘对他来说是不一样的。
现在皮卡丘莫名其妙的，以这种凶狠的眼神看着他。小智慌了，慌到，想不出皮卡丘这样可能是发生了什么，只想询问皮卡丘，到底怎么了。
小茂听到路卡利欧和超梦的话，伸手拉住了小智的胳膊，将之拉回来。再怎么喊也没什么用，与其在这里喊，还不如去找主谋解除控制。
但小智现在的心思都在皮卡丘上，被小茂这一拽，立马就生气的喊了起来“小茂你干什么拉我，我要去找皮卡丘问个清楚。”
“冷静一下，它们明显就是被控制了。”小茂拽过小智，在小智耳边小声说道。但小智现在根本冷静不下来，还想大声询问小茂到底是怎么回事。
小茂见小智冷静不下来，为了避免小智一个冲动，在跟着皮卡丘它们去敌人大本营。还没找到对方，就先被皮卡丘伊布它们弄‘死’了。抬手就捂住小智的嘴巴，将小智揽在自己怀里，不撒手。
小霞和小健看着小精灵跟他们反目，小智和小茂还不知道什么情况的，就这么掐到一起了。瞬间就乱了起来，而被控制的皮卡丘、伊布还有波克比，见小智他们没追来，就离开了。
眼看着皮卡丘它们离开，小智拼命的挣扎，小茂被小智杵了两下，疼的呲牙却还是没松开。冷声喊道“你给我冷静一下，你到底还想不想救它们出来。”
小智瞪着眼，飞快的点着头，他当然想救皮卡丘它们，可不是你在拦着吗？！
小茂见小智能听进去话了，便继续开口道“超梦说，这座城市有超能力系的小精灵，使用能力控制着小精灵。路卡利欧险些中招，被超梦护住了。超梦虽然能抵挡住对方的控制，但它不可能在这么多人眼皮子底下出手。一旦出手它必定会暴露，所以只能靠我们自己去查。但我想，如果出了这种小精灵奇怪反目丢失案件，君莎小姐一定会出面的。我们可以去找君莎小姐询问一下详细情况，这样才方便我们找出最后的真凶。所以，你现在能冷静的，跟我去找君莎小姐，询问案件详情么？”
小智点了点头，即使再怎么火大，小智还是能听进去小茂的话的。所以，小茂说完到底是怎么一回事后，小智就冷静了下来，不闹着去追皮卡丘了。
小茂见小智冷静下来了，松开手。小智立马离开了小茂的怀里，看到小智那么快离开，小茂突然觉得自己亏了。这么好的机会，他居然，没多利用一会占便宜。不过这个想法也就是一闪而过，因为很快君莎就出现在他们面前。满是歉意的说道“我来迟了。”
小智他们急忙跑过去，还有那两个同样丢了小精灵的训练家也跑了过来，急忙跟君莎说明了案情。君莎为慌乱的训练家解释了一下，最近所发生的怪事。
最近小精灵都不知道怎么的，突然都不听训练家的话了。攻击人类的案件常常发生，她正在调查。就在君莎跟训练家说话时，一只鬼斯突然在君莎前面现身，顿时吓到了小智他们。
鬼斯看到小智他们吓了一跳，瞬间开心的笑了起来。君莎将鬼斯推到一旁，带着小智他们来到了警察局，因为鬼斯完全不受控制，君莎也有点怀疑，这是超能力小精灵作案。而小茂则是帮忙应证了这点。作为一个研究员，小精灵的事，虽然小茂现在不像是他爷爷，大木幸成那般的权威。但好歹拿出证据还是有人相信的，但问题又来了，知道是超能力系的小精灵搞鬼，他们要怎么去抓它呢？
小精灵不可能去做这种坏事，那么背后一定有人去指挥它，那么这个人的目的是什么呢？
就在小智他们这边排查超能力系的小精灵时，一直忠诚的，坠在他们身后的武藏等人，发现了皮卡丘的踪迹。急忙追了上去，然而追到一半时，喵喵也被控制了。武藏和小次郎赶紧跟在了喵喵身后。结果便来到了小三郎和亚马多的基地。
小三郎和亚马多在看到会说话的喵喵后，就觉得似乎有点不妙。而当看到武藏和小次郎后，这个不妙就化为了不爽。两边气哼哼的说着各自的出场台词，武藏和小次郎简直要气疯了。亚马多抄袭她的台词也就算了，居然还颇受老大的信任。
他们在局子中蹲着的时候，那回不是他们自己想办法逃出来的？什么时候老大出过钱？再者，亚马多居然说，他们被老大开除了，小次郎那个没骨气的居然去抱亚马多那家伙的大腿，询问自己到底有没有被开除。
武藏觉得自己都要被气死了，好在自己要砸了这里时，小次郎是站在自己这边的，不然连他一起打。
但就在小次郎和武藏叫出自己的小精灵时，亚马多和小三郎平静的叫出了被他们素利普。有着小象鼻的素利普头上顶着几根线路，脚下踩着一个机械台子，双手开始舞动起来，悠闲的跳起舞来。小次郎和武藏的小精灵在素利普的舞蹈下，纷纷被控制起来。
亚马多双手掐腰，笑着道“想用蛮力抢夺别人的小精灵，实在是太野蛮了。以后要以聪明的做法来征服世界才对。”
“这个装置是让素利普强大的催眠波增幅，利用圆盘天线扩散催眠波的。”小三郎好心的为武藏和小次郎解释了一下，他们聪明的，掠夺他人小精灵的方式。
解释完了，小三郎和亚马多控制着武藏和小次郎的小精灵，反击武藏和小次郎。看着小次郎和武藏被自己的小精灵，暴揍。心情顿时好了许多。
小三郎和亚马多将被小精灵打倒，陷入昏迷的武藏和小次郎丢出了他们基地。而昏倒的他们，则被寻找超能力系的小精灵的鬼斯发现，并由小智他们带回来。
武藏一睁眼就看到了鬼斯那个大大的黑脸，险些吓晕过去。好在是小智把鬼斯推到一边，武藏看到小智后，这才冷静下来。
君莎询问，武藏，城里这一连串的事，是不是他们火箭队在捣鬼。毕竟火箭队在他们警局内可都是挂了号的存在。
武藏不屑的表示，这种事怎么可能是他们做的。小智见少了喵喵，便询问喵喵怎么了。
小次郎坦白了，不光是喵喵，他们两个的小精灵都被人夺走了。
小茂心里暗想着当真是痛快人心，总是想着抢别人的小精灵，现在被人家抢了吧。这就叫，不是不报，而是时候未到。然而，火箭队的遭遇，也蛮让人心痛的，起码小智他们这群善良的孩子，就表示了同情。小茂…一丢丢同情吧。
路卡利欧和超梦都当不听到小茂当时的，那暗搓搓的想法。小次郎和武藏不打算把自己知道的真凶告诉下君莎他们，君莎和小智等人都在劝他们把所知道的告诉他们，人多力量大，他们完全可以一起合作将小精灵抢回来。
小智拦着火箭队不让走，低下头说着拜托的话语。小茂一点都不喜欢小智这样，开始思考让超梦和路卡利欧强行从火箭队的心里撬出他们想要的东西的可能性时。
然而火箭队还是被小智感化了，决定帮小智这个忙。是帮小鬼头，又不是警察，警察也只是顺带的而已。这般想着，两人便轻松多了。