海军的情况就相对简单许多。内河舰队属于守备军，各海军舰队则属于常备军，内河舰队主要有长江第一、二、三舰队，各自负责武昌以西、安庆至武昌、镇江至安庆的防务，镇江以东江面则由驻崇明岛的海军第一海防舰队负责；黄河第一、第二舰队，各自负责东京以西和东京至淮安清江的河防，清江以东防务由驻海宁的海军第二海防舰队负责，此外还有海河河防舰队、辽河河防舰队，而渤海湾的防务则由驻金州的海军第三海防舰队负责。
海军还将编制成四个舰队，驻舟山昌国的第一舰队，负责北至耽罗岛，东至琉球，南至台湾海面的海防和制海权；驻威海的第二舰队，负责北至骨廆岛（库页岛），东至日本岛，南至耽罗岛海面的海防和制海权；驻香江的第三舰队，负责北至台湾岛，东至吕宋岛，南至南海的海防和制海权；第四舰队则驻马六甲，现在负责整个南海的战事。
此外还有驻昌国的第一海军陆战师，驻耽罗岛的胶州的第二海军陆战师。驻广州的第三海军陆战师，驻辽阳的第四海军陆战师，驻汉阳的第五海军陆战师，驻釜山的第六海军陆战师，驻台湾的第七海军陆战师，从钦州移驻到越陈海门镇的第八海军陆战师，共计八个海军陆战师，近十万余人。
整个海军包括守备舰队、常备舰队、海军陆战师只有四十万人，这是由于北伐和对北元战事的拖累，大明一直没有太多的钱财用于大规模的造舰，一级战列舰还只有“帝国荣耀”号和“大明万岁”号这两艘姊妹舰，大明海军的主力舰-三极战列舰也才造了六艘，平均一年一艘，倒是武装商船从明历元年开始造了六十艘，平均一年十艘，因为这船能迅速带来经济效益，而且是各商会下的订单，不用大明海军出钱。想来北边的战事已经基本结束，大明在未来一段时间应该要将重点放在海军建设上了。
由于在这次调整中，刘浩然将常备军、守备军全部明确职责，他们将只负责大明国防，不再参与国内治安维持等工作，只会在出现大的天灾、叛乱等重大事故时才会投入使用。
可是为了保障地方社会治安，刘浩然在这次调整提出新建巡防部队，即巡防营，以营为单位，上面有省巡防司和全国统一领导机构巡防总署。专门负责大明国内安全保卫任务以及防卫作战、抢险救灾等，如保卫省布政司以上官署、高级官员，重要的工厂或公共设施、重要的交通枢纽设施，重点区域或节假日、戒严期的武装巡逻，负责看管监狱、拘捕所，协助巡检司、都察御史官署、按察司、法务部调查局、计部、皇家银行等司法或重要财金部门进行拘捕、看押、解运等任务，处置暴乱、骚乱、严重刑事案件，以及边防巡逻等。
巡防营一般以队为驻守单位，驻守在县城附近，巡防营一般驻扎在府治，除了管理下署各巡防营分队之外，还有一支巡防队负责府治的治安任务。它按各省行政区域来划分省、府、县三极单位。
按照刘浩然的计划，准备编练四百个巡防营，也就是四十万，虽然还达不到每县一队，但是基本上可以覆盖大明大部分县，重要的工厂和设施。
巡防营接受内阁和枢密院双重领导，它的人员招募同陆军一样，由陆军部负责，实现和陆军一样的军衔，日常管理和训练由巡防总署向枢密院负责。由自己独立的军令署、军政署、军辎署，同时也接受枢密院的军政司、军令司和军辎司领导。但是巡防总署也接受内阁的调遣和指挥，各省、府、县的巡防司、巡防营也接受地方官府的调遣和指挥。
看到这里，在场的不少人在暗中猜测，这个新设的强权机构将会被划到哪个部去？十有八九是法务部，于是很多人都不由自主地看了一眼法务部的老大-周祯。法务部已经权势熏天，再加上这么一个半军事化的机构，那还了得。
在这次大调整中，刘浩然确定了服役期限，所有大明男丁在满十八岁和县、府学毕业之后，都服兵役的义务，他们必须到当地的县尉官署报到，接受资格审查，一旦身体、“政治”审查合格，必须接受朝廷的征召，服从分配，加入到守备军或巡防营，而常备军按照惯例从守备军中三月新兵训练优秀者选调。
刘浩然提出，守备军和巡防营兵役期限是三年，常备军服役期限是五年，士官可以达到十年，他们叫退伍；军官如果在五十岁前没有升上将军，也必须退役；而将军则是终身制，就算六十岁退休依然保持军籍，朝廷继续养着。而逃除兵役将受到严惩，处五年劳役和一笔罚金。
前宋朝当兵不是什么好事，好男儿一般情况下不会去当兵，大明自刘浩然占据江南以来，军中将士们待遇极高。又恰逢驱逐鞑虏光复中华的时期，百姓们又踊跃参军，加上刘浩然提倡的各种荣誉和宣传，长时间默化下来，使得大明陆海军将士的社会地位急剧提高，已经排到司政官员、大学教授、学校教师、医生的后面了，比律师和工匠还要靠前。
但是刘浩然知道，随着太平时期带来，开始稳定生活的大明百姓可能不会很踊跃地加入军队，参与对外扩张战争中去，为了继续保持军人的吸引性，刘浩然在这次调整中提出一揽子计划。