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在刘浩然的设想中，格物院、弘文院和国史馆侧重理论研究，而工程院则侧重应用科学的研究，他们互相是可以“客串”的。如现在风头正盛的刘承志因为其在天文、地理和社会学的造诣，一人兼任了格物院和弘文院两院院士，工程院成立，也少不了他的一个院士身份。而三院一馆的院士人选则由各大学相应学科的教授、副教授推举产生，再由学部聘任，一般任期是终身制。满六十五岁便可“退休”或期间自己
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罗复仁建议中还提出设立学会以及明确研究所和学会的职责。
研究所是负责具体学科的研究工作，它虽然也是三院一馆的下属机构，但一般都由相应部门赞助和监管，如机械研究所归工部赞助和监管，兵工研究所归陆军部赞助和监管，船舶研究所归海军部赞助和监管；学会也是三院一馆的下属机构，但是它主要职责走进行学术交流以及对新的科研成果、行业技术标准的认定，如早前成立的地理学会，它即可以对地理勘探的赞助，也被授权对新发现的岛屿、大陆、海洋进行确认和正式命名，同时也包括对动植物等生物研究、发明成果的认定。
学士会议很快通过了罗复仁的几项提议，各学科确定之后，各大学便根据这一原则重新发定和增设专业学科。同时学士会议也通过了罗复仁关于加快大明格物、弘文诸专业学科的建设，增设南京工学院、东京工学院、武昌工学院三所理工大学的建议。
接下来便是礼部尚书胡惟庸提出建议，一是在南京大学、江苏大学、淅江大学、安徽大学增设传播学专业，以应对大明越来越发达的传播业；二是申请开设南京戏剧学院小专门培养戏剧人才，申请开设南京音乐学院和南京美术学院，专门培养音乐、美术等艺术人才。
在得到学士会议通过之后。这揽子事情便要归学部接手了。
不过商部尚书杨元呆提出的建议草案却激起了与会人士的强烈反
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杨元呆要求内阁制定律法，首先严禁大明各地百姓乞讨，违者监禁一年1重犯者劳役五年；二，各地城镇居民百姓必须从事一项职业，并在当地官府登记确认，一年无业者加以重惩，劳役三年；这两项说白了就是要把乡村城镇严禁“小逸民逸夫小游食。无籍之徒”；三，劳役者可发放至各地工厂做工等等十余项。
看到这里，刘浩然不由眉头紧皱小他没有想到这场冲突居然还是被摆到了大明最高国事会议上，而且是由杨元呆这位淮西派干将提出来的。
这场冲突早在数年前就开始产生，只是最近一段时间开始激化而已。冲突的起源非常简单，对劳动力的争夺。 大明的工商业迅速发展，尤其是工业的发展使得这一行业劳动需求日益增大。在开始的时候，各地的降军、俘虏，每年恩赦令“解放”出来的地主豪强家的农奴，数以十万计，总算是满足了大明工业启动的劳动力需求。可是随着工商业的发展，工厂需要更多的工人，商社需要更多的伙计，船队需要更多的水手，港口需要更多的码头工人，一切需求都在不停地增长。而大明建立之后施行的《土地法》是保证广大乡村农民耕者有其地，广大农民在经历长期战乱之后拥有了属于自己的田地1便一心开始耕种经营，一头扎进了土地之中。
工商业只好从没有田地分配的城镇居民中招揽劳工，随着不断地发展，尤其是北伐和漠北战事对兵工工业、仿织工业、钢铁工业等诸多工商业的刺激，它们需要的劳动力达到了一个顶峰，而与之相反的是大批原本在战乱中逃入城镇的百姓被遣回原籍，重新分配田地，从事农业生产。到后来，工商业无计可施，只好仿效官府基础建设的做法，利用农闲招募当地的农民，使得劳动力需求得到了部分缓解。
可是这就有一个，弊端，那就是农民出来打工是利用农闲挣点工钱，他们主要精力还是放在农业上，一到了农忙时分便纷纷还乡耕种和收获，结果使得相应的工商业被人为的制造出“淡季”和“旺季农闲时是旺季，农忙时是淡季，这一淡一旺就严重地影响了工商业的正常运转，减少了工厂主和商人们的收益。
当欧洲海路开通，来自欧洲、非州的需求将给大明工商业带来一夫批订单，可是这些工厂主和商人们却发现已经没有足够的人手去生产这些订单，“淡旺”季的影响将变的更加严重。这使得这些工厂主和商人们不可忍受了，于是便开始动起脑筋来。
抽们把目光投向逃荒和行乞者，虽然大明的土地政策和社会福利制度还算完善。但是仍然有时不时出现的地方局部性自然灾难使得当地的农民走上传统之路，逃荒和行乞，加上官府赈灾的场所一般都在城镇，所以受灾的百姓们便纷纷涌向城镇。
此外还有大明各地关押的罪犯，由于新朝初定，这些年官府围剿了不少占地为王的盗匪，统统在各的监狱里进行劳役，他们也是“上等”的劳动力。
这些工厂主和商人依仗自己是皇帝陛下重点“扶植对象。”于是便要求国家制定相应的律法和政策。以解决他们的劳动力不足的要求。开始的时候他们将这个要求诉求到新任工部尚书胡探，结果一向以民生为本的他给一口拒绝了。于是工厂主和商人只好又诉求到商部尚书杨元呆这边。
杨元皋虽然是江南文人出身，但是从龙已早，身上早就打上了淮西派的印记，后来又加入到太平学派当中。当太平学派一些文人带着工厂主和商人代表找到他，要求他为此出谋划策时，他的心思便活泛开了。在他想来，皇帝陛下对丫坦怀业支持一向是不遗余力地支持。现在他们遇到大问期1。又关系到大明财政收入的增加。肯定是要想办法解决的。自己主动集击，应该算是政绩吧。
杨元呆的建议刚一提出。刘浩然还在那里皱眉不语，罗复仁却开口反对了：“此建议不妥。百姓受灾，官府当安抚赈济为上，怎么还要落井下石？”
罗复仁是江西学派的翘首，他虽然也支待发展工商业以足国用，但是这必须站在不影响农业生产的基础上。杨元最这一建议，很大一部分就是针对农民，试图通过各种手段录夺农民的田地，迫使他们进入工厂做工，这让罗复仁如何能答应。
罗复仁一开口，刘基和宋镰也开口了，支持他的言论，坚决反对杨元皋的“妄言建议”
这三位一开口，杨元呆知道事情难办了，罗复仁和刘基都是重臣，都挂着直学士的衔，可以直接在学士会议上投反对票。宋镰虽然没有挂直学士衔，但是他是江南学派和清流的领军人物，又是太子太傅，他出声反对，不少直学士和大学士心里都要掂量掂量。于是杨元皋把目光悄悄地投向了刘浩然。只要皇帝陛下支持，这项建议还是能够在学士会议上通过的。
可是刘浩然把案卷一掩说道：“既然三位先生都说不妥，先放下。”
句话就让杨元皋心冷如冰，深知这次恐怕是闯了祸。 果然不出所料，会议网一结束，消息便传遍南京城。第二日，江南学派便开始发难，上书通政司，说杨元呆建议是急功近利，妄动国本。刘浩然接下此上书，批了几句便转给了内阁。如此一来，杨元呆承受的压力便剧增，而江南学派受此鼓舞，当即乘胜追击，猛烈抨击杨元皋与某部分工厂主、商人唯利是图，不以国本为重。江南学派几经挫折，已经积累了一些经验，他们只是将矛头指向杨元皋等一撮淮西分子和某些工厂主和商人。并将整个淮西集团和大明商业与其划清开来。
刘浩然静静地看着这些，他非常恼火杨元呆和某些工厂主、商人的这一建议，大明工商业发展急需劳动力，这些他也知道，可是杨元果一行人的做法简直就是在杀鸡取卵。现在的大明还是要以农业为重，整个大明的农业网才才缓过劲来，他们就如此迫不及待了，难道不怕生出什么事来。
最好的办法就是发展农业技术，提高农业生产效率。现在大明废除人头税，执行田产赋税。百姓们没有什么约束和压力，人口增长将会非常迅速。而现在美洲已经发现，许多高产农作物即将被引入大明，欧洲海路也打通，他们值的学习的马耕技术很快就会被引入，而且漠北、漠南的马匹有的是，大明还少用来耕种的马匹吗？
所以说如果杨元皋等人有远见，就应该制定出大力鼓励农业生产的政策，当农业生产效率和总量大幅提高了，农业人口又迅速增长，再加以提高工资福利待遇等方面的政策引导，吸收农业富余人口，自然就解决了工商业劳动力缺口。
最让刘浩然无法谅解的是杨元呆等人居然提出让劳役罪犯入工厂做工。刘浩然在大明实现的是“技术工人”方法，通过学校、专学、扫盲班努力提高工人的文化程度，也随之提高了原本地位很低的工匠社会地位。现在杨元呆等人将劳役罪犯与工匠们混为一谈，这岂不是让天下百姓以后将工匠与罪犯视为一等，自己此前做的事情岂不是白做了，以后谁也还愿意当工匠？
刘浩然不由在心里骂杨元果等人是鼠目寸光，为了眼前的利益竟然不惜将来长远的利益。十几年时间都等不及了吗？大明工商业因为劳动力缺乏产量提不上去又如何？大明现在虽然科技发展到了一定水平，但是依然不具备工业革命的条件，依然走得是“稀缺资源”和劳动密集性生产模式，这种方式下还要大幅提高生产能力，肯定会影响农业生产，没有商品出口。那些老外能把大明怎么样？要是百姓们没有饭吃，就会酿成社会动乱！产量不足你价格卖高些嘛，还不是要赚那么多钱，像这种“低技术附加值”的产品，你生产的越多价格就下降得越厉
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过了几日，大明劳工联合会也起来上书，严厉斥责杨元呆等人的建议，说这是对广大劳工**裸地贬低和侮辱，想想也是，杨元呆等人将劳役罪犯与劳工混为一谈。这些好不容易有了尊严和自信的劳工们如何能接受得了。
在各方的压力，十月二十日，商部尚书杨元呆向内冉提出辞呈，而李善长知道这个局面也保不住这位谁西派干好了，只好接受辞呈，于是杨元皋成为第一个被民意“轰下台”的内阁尚书大员。
江南派受此鼓舞，准备再接再厉向那些唯利是图的某些工厂主和商人发起进攻时，一件大事的意外发生中止这次冲突。按察院总使秦从龙于十月二十二日去世了，享年七十二岁。
刘浩然得知这一噩耗。决心平息这一次冲突。十月二十四日，就在内阁宣布为秦从龙这一开国元勋进行国丧时，大明劳工联合会向应天府按察司起诉那二十七位向杨元最诉求并提出那项建议的工厂主和商人。
十一月二十八日，在一月国丧期结束后，应天府按察司做出裁决，判定二十七工厂主和商人犯有侮辱罪，罚款五十万圆。
这次冲突虽然逐渐平息下来了，但是不少人从中看到了许多东西，开始暗中酝酿和商议，一时间南京城里暗潮涌动。这种局面一直延续到了明历八年二月十日。刘浩然突然颁布命令，对云南采取军事行动，这股暗潮才被即将发生了大明统一战争暂时压制下去。（未完待续）