1一九零七年在檀香山加入同盟会，一九一零年参入《自由新报》编辑工作。一九一七年回中国，在广州担任大元帅府秘书。一九一八年到一九二零年担任非常国会参议院秘书兼广州时报编辑。一九二一年任广州市长兼治河督办，后任广州市首任市长。
一九二三年二月再任广州市长。十月参与中国改组，获指定为临时中央执行委员会委员，负责起草党纲章程。一九二四年主持广州特别党部，六月与黄季陆合作提出《弹劾案》。
一九二五年七月国民政府在广州开府，任政府委员。一九二六年一月任中央执行委员。五月第三次就任广州市长。一九二七年三月任常务委员与国民政府常务委员。七月随汪兆铭清共。
一九二八年一月与胡汉民与伍朝枢赴英德等地考察，起草《中国训政大纲》，协助制定《中华民国国民政府组织法》。十月任铁道部长与考试院副院长。
一九二九年，孙科亲领筹办总理故乡纪念学校一所（即今日的中山纪念中学）之责。
一九三一年改任行政院长，因财政危机旋即辞职。同年五月，汪精卫、孙科等人，在广州成立了一个广州国民政府，和蒋介石的南京政府相对抗。由于孙科上台后，政府财政无比困难，不到一个月便辞职了。孙科呼吁从速实施宪政。
一九三二年改任立法院长，曾鼓吹实行立宪制度，但遭蒋介石冷遇。其间连任中央执行委员。一九三六年“中苏文化协会”成立，出任首届会长。一九三八年奉派中国政府代表及蒋介石特使与苏联谈判，签订《中苏互不侵犯条约》和《中苏商务条约》，争取苏联援助中国抗日战争。
一九四四年十一月，孙科在《纽约时报》撰文，畅谈他长期以来对在中国实现英美民主制度的理想。一九四五年出任国民政府副主席兼立法院长，中常委。
一九四六年一月代表与中国协商，然后跟随蒋介石进攻占领区。一九四六年下半年，随着国内政治环境的急剧变化，孙科从自己原来的立场全面后退，停止革新宣传，转而支持蒋介石的政策。
一九四七年并任国民政府副主席。一九四八年与李宗仁竞选副总统落选，后再度出任行政院长。一九四八年十一月，获蒋任为行政院长。
蒋介石于一九四九年一月下台，由李宗仁代任总统。孙科以南京不稳，将行政院迁往广州，一度令李宗仁政府无法运作，亦无法与和谈。孙科亦是中共在一九四八年开列首四十八名“战犯”之一。
一九四九年辞职赴台。一九五一年赴法国。一九五二年移居美国，担任“中美文化教育基金董事会”董事长。
一九五四年夏，因次子孙治强从香港举家迁居美国加利福尼亚州，孙科遂迁居与次子同住。
一九六五年由美国至台湾，任中华民国总统府高级咨议、考试院院长，一九六七年出任东吴大学董事长。
一九七三年因心脏病病逝于台北。终年八十二岁。
孙科逝世后，蒋介石评价他“气量恢弘，才识远大”、“功在国家，声驰寰宇”，颇多溢美之词。客观上来看，这种措词中有许多为逝者讳的客套成分，真正用来评价孙科，肯定不能算是完全贴切。一位研究孙中山先生多年的教授说到孙科的时候，坦言自己研究过程中并没有加以特别的注意，认为他虽然很早便投身国民革命，且长期居于政府的高位，也取得了一些成就，但终究只觉得他是一个平常之人。
与其父孙中山先生比起来，孙科当然显得庸常。但谈论到孙科的时候，又是始终无法绕开孙中山这个名字的。普天下的父母，大概没有一个不希望自己的儿女有出息，伟人如孙中山先生大概也不能例外。我们从他对待儿女的问题上，可以看出孙中山作为一个普通父亲的良苦用心。他以自己的言传身教，不仅让孙科选择了一条人生道路，早早便加入同盟会参与革命，更在自身修养、生活素养方面做了一个引导和表率，让孙科成为要员中一个以能“看看书”而闻名的人物。坦白地说，做一个伟人的后代，是件非常难的事情，外人会经常下意识地将其与父辈拿来作比较。做个平常人显然就是没有沿承父辈风范，但超越又何其难？何况，孙科的坐标系，是孙中山这样一个伟人。古人曾经有“君子之泽，五世而斩”一类的论断，而鲁迅先生也有句很大胆的话，大意是说，一个人的学问和能力，与花柳病不同，并不能经由传给对方和子女。只有头脑简单的庸俗之人，才会说出“龙生龙，凤生凤”、“老子英雄儿好汉”这样的奇谈怪论。即使是被认为在教育子女方面最成功的曾国藩，子孙后代也是人才辈出，但影响力上终究没有一个超越了曾国藩，却也是事实。电影续集总是不如第一部好看，大概也是同样的道理。孙中山身处一个风云变幻的年代，内是几千年的封建社会的腐朽垂死，外有西方列强的激烈冲击，整个中国都陷入半殖民地半封建的社会，为民族乃至中国的未来寻找一个自强的出路的理想，造就了许许多多为革命振臂一呼、奔走一生的坚定革命者，而孙中山正是其中最杰出的代表。大而化之，产生一个对历史、对社会有巨大影响的伟大人物，除了与生俱来的素质及后天的自身努力外，也有当时特定社会环境的客观因索，否则，该如何理解“时势造英雄”这一说法?脱离开具体的客观环境，透过孙中山的高大背影去看待孙科，虽是人之常情，却又不是公平与理性的做法。孙科的一生，是沿循着父亲所开创的道路平稳走下去，有继续革命之责，却已无开创之功，其成就也就自然不能与孙中山的惊世伟业相提并论。至于孙中山在其革命生涯中凝聚的个人魅力，更是未经受过太多波折的孙科所不能比拟的。客观地来说，孙科的确没有其父的雄图大略，即使与同辈的政治人物相比，他也不一定有非常突出之处，但至少不是纨绔子弟、衙内、公子哥一类人物，也并不是资质平庸、毫无想法、只能依靠父亲名声混日子的一个人。他仍有自己的政治抱负，提出过实施宪政的政治主张，并大力抨击蒋介石的独裁，只是囿于环境、地位的制约，常常表现得一波三折前后互异，这大概也是他的地位、性格、与环境等因素互相作用的结果吧。RO