后来，孙武被迫向政委和军事法庭多达九次的书面说明和辩护，才免于被追究责任。
这确实是新军历史上罕见的屠杀事件，比镇压别洛戈尔镇的俄国叛乱者的事件更大些，因为这次杀的是自己人，对孙武的庭外审判多次质询，暴露出，中国新军的高层，对于镇压土匪的目标，手段等方面，还有些严重的分歧，尽管分歧是正常的事情。
政委后来在得知这一消息时的态度是，一定要稳妥地处理内部矛盾，最好是打击一小批，说服一大批，把武力镇压和耐心的政治思想工作结合起来，那是中国人民解放战争中形成的优良传统之一，绝对不应该丢弃这些传家宝。
孙武个人没有对此有多大的遗憾，在私下的场合，栗云龙也表示支持，说在关键时刻，就需要这种杀气！
统共被杀的土匪有三千一百三十九名，推到山涧旁，两名战士绑架着他的胳膊，前面一名战士拉住他的长辫子，执行的刀斧手抡起大刀狠狠地一压，两边的战士顺势一推，呼，尸体和脑袋一起滚进沟壑里，一个人就完了。这种最原始的方法，排成了好几队，一刻不停地进行，杀了一天才杀完。
这三千多人绝对不是小数目，因为那时东北大量的土地尚未开发，人口稀少，大县不过十万，有的县总共才三四万人。三千多土匪涉及的家属，牵连下来就是上万，甚至数万人，影响绝对很大。
因为是强制周围的民众来观看，土匪在杀之前都要向着数万百姓亮相，所以，也出现了一些特殊事情。
一名妇女恰好看见了她的男人，于是冲上来，大哭大喊，要求刀下留人，最后，跪在孙武的面前连连磕头，终于被允许带了她男人离开，条件是，要这土匪自扇三个耳光，向面前的群众磕一百个头谢罪。
受到她的启发，也有其他几个土匪家属冒着风险上来求情，也被法外开恩，降为重打四十军棍释放了。在重惩的基本原则下，孙武也讲了人情。
大黑顶山的剿匪战斗告一段落，孙武师团继续分兵南进，寻找新的祸害。不过，他们很快就发现，不用再剿了。
各地的土废都得到了大黑顶山中国新军以严厉手段对待土匪的故事，吓得那些土匪纷纷前来投降，半个月之内，先后有八大股土匪的头子，光着上身，背着荆棘前来投降认罪，还将部队进行收缩以后，接受新军的改编。