不管话怎样说，新军还是迅速做好了对日作战的准备，包括陆军的整编，各种武器的配备，甚至空军的调动。海军舰队的煤炭炮弹补给等，奉天参谋部制定出详细完整的作战方案，只用了三天时间，是在早就有计划上加以修改。
参谋部的方案有三套，第一，以海军为重点，将海参崴的海军舰队主力派遣出去，偷袭日本的北部漫长的海岸线。进行经济破坏，军事打击。目标是将日本的沿海重要城市，如松江，鸟取，新瀉，福田等肆意地破坏。从而吸引日本海陆军的注意力，创造新的战机。而陆军主力则东进韩国，寻找机遇歼灭日本的陆军部队。战争的目的是，歼灭日军陆军主力或其一部于韩国。
第二方案是，海军基地完全防御，留至最少的兵力，只要坚守住海参崴即可。倾注陆军力量，在韩国的东部，围歼日军。因为制造事端，出汉城直扑釜山港口等，迫使日本军队没有在韩国的任何回旋余地，从而形成决战的局面，将日本陆军主力全部歼灭。之后，控制整个韩国，等待海军舰队的发展，徐图日本列岛的本土。
第三，在韩国境内歼灭日本陆军主力，然后，海军舰队伺机出动，运输陆军精锐。突击日本的对马和九州岛，取得对整个日本的军事胜局。在适当的时机，进攻四国和本州岛屿，攻占东京，活捉日本天皇，将日本彻底占领并征服之。
按说，这些方案的特点很明显，有些自大了。栗云龙和政委等人带领军团部军官，又招集了师团级别军官，确定，根据日本政府的反应，再做出最佳的出击步骤。
在对日战争这件事情上，政委有不同意见，他认为，目前的准备还不充分，无论海军还是陆军，都没有轻而易举击败日军的把握，特别是在敌人熟悉韩国东部情况，又得到了韩国军队支持的条件下，中国新军最大的危险是，对日本军队和地理环境的陌生。另外，海军实力相差悬殊，根据当时的吨位对比，中国太平洋海军舰队只有二十四艘军舰，官兵的海战技术和熟练程度都很有限，战斗力尚未完全形成。日本联合舰队的总体实力非常强大。是中国海军的六倍以上。王梁情报局长很快就提供了作战的基本情况，因为，派遣到日本进行间谍活动还是比较容易的，目前，新军已经训练并且派遣了一百多名中国间谍潜伏进入日本进行特工活动，最长的工作时间已经一年半了，初步掌握了一些情况。于是，在政委和栗云龙的面前就摆开了一副日本战力的综合简易图表，其中显示：
1．一九零三年，日本总人口约4400万。战时可动员200余万后备兵员。在机构的设置上，日本有以天皇为核心的大本营，有参谋本部，有军部，有陆军省和海军省，体系完备充实。军官的选拔机制成熟。军令畅通无阻。
2．陆军总兵力约37.5万人，其中25万人可用于日本列岛以外作战。一共拥有大约1100门炮，火炮中37%为山炮，适于韩国南部大平原河网稠密兼多丘陵地带战场的地形特点。机枪147挺。
3．海军是日本建军的重点。当时，日本海军有战舰约80艘(26万多吨)，多数是在英国建造的新型舰只，性能良好，规格统一。
4，日军兵役制度比较严密，后备力量动员准备的程度较高。官兵受军国主义、沙文主义和“武士道”的毒害甚深。
5，陆军以师为最大的战术单位，一般由2个旅，加上骑兵团和炮团等单位组成。战时两三个师编为1个军。一个军的总兵力基数为三万，最高可达六万。
6，全军有统一的作战思想，基本上是德国名将毛奇的理论。核心是强调进攻；进攻的主要样式是翼侧迂回，力避正面进攻，以减少伤亡。对刺刀白刃战并不完全排斥，但更加重视火力，特别是交叉火力。冲击前通常要进行火力准备。步兵基本的战斗队形是散兵线。日军不少军官曾到德国留学。部队和院校也雇请了许多德国教官，按德军条令进行训练。
7，日军在韩国方面的统帅大山岩大将，目前已经晋封为元帅，是毛奇的信徒。曾经历过普法战争，在普军中亲自观察毛奇军事思想的运用。他的战术指挥艺术比较成熟高明。
8，日本海军的作战思想，同陆军一样强调进攻。“联合舰队”司令东乡平八郎大将曾在英国学习。他积极求战，但重视准备，行动谨慎而诡诈。加上其他有利条件，如后方近，训练和装备较好，指挥能力较强，对我国东北情况熟悉等等，则日本的优势结论是，综合了德国和英国海陆军战略战术思想精华的日本军队，具有很强的战斗力。无论哪一方面，都需要中国军队慎重对待。
栗云龙没有责备参谋部，而是要求今后在工作中，要和军事情报局进行，密切关系地合作。
很自然地，栗云龙选择了折中的方案，冻结海军舰队，全面防御海参崴基地以及附近的大陆沿海地带。重心是巩固海参崴。
在辽东半岛上，不做任何海军的设防，因为中国新军要防御的话，漫长崎岖的上千里海岸线，实在是防不胜防，所以，与其被动防御，不去干脆放弃。反正那里不是战略的重心。栗云龙又一贯秉承着重视敌人有生力量的歼灭而不是占领和巩固城镇的传统。要人不要地。
白强为司令员的中国太平洋海军舰队，奉命坚守在港口里，同时，要求奉天`兵工厂尽快将已经生产出来的港口和附近海域的防御杀手：水雷，全部运输到海参崴，在数天内就布置完毕，组成阻挡敌人可能偷袭的第一道防御线，将所有的鱼雷也尽快装备到军舰上，在海港内自行制造的十余艘小型鱼雷艇，立即编入海军舰队。
龙飞部队，全部从北方边境地区撤离，只将三个扩充了的警备旅接防。一个旅进入俄罗斯境内，直到俄国在两年以后，全部完成赔款。
将所有的部队在半个月之内就调遣布置完毕，第一军三个师团，聚集在海参崴港口往西南直到中韩边境地区，段大鹏师团在前，徐竹师团和张德成师团分两翼殿后，呈现品字形状，布置在图们江边，随时作为突击韩国北部东海岸地带的主力，也可分一部陆军，策应海参崴方面的海军舰队。
第二军，孙武师团继续留在平壤，但是注意收缩兵力，派遣侦察兵力，随时随地侦察日军和韩国军队的动向，曹福田师团西南转向辽东半岛，驻守在瓦房店一带，白强的部队，一部分随白强师团长组建新的海军陆战部队，为一个独立旅。等时机成熟再扩充为新的师团。其余部分，则补充了警备部队和警察部队，组成新的师团，由龙飞来统领，进驻中韩边境的丹东要地，一面以为防御辽东半岛，与瓦房店的曹福田师团为犄角之势，一面可策应入韩作战的兵团腹部。为加强这一地带，栗云龙将撤防的俄国民族军两个小型师团两万人分配给龙飞。统一调度。