虽然觉得御水族人十分无辜，虽然心中十分不忍，可到底君命不可违，就在阎门先祖怀揣着罪恶感准备遵守皇命将御水族人一网打尽的时候，朱昶基带着水玲珑回到了巫灵谷。
看到原本的世外桃源沦为一片废墟，见到自己的族人沦为待宰羔羊，水玲珑怒不可遏。回到巫灵谷坐镇的水玲珑毅然挑起大梁，鼓动族人反抗，打算与大明皇室决一死战，为族人报仇。
深入巫灵谷，阎门先祖这一次自然是有备而来的，早在他围捕御水族人之前，他便悄悄在他们的蛊虫中做了手脚，灭掉了大部分蛊虫。水玲珑没有蛊虫做后盾，又一掌难敌四手，自然落败。
水玲珑被擒之后，朱昶基跪请阎门先祖放过水玲珑，并恳请朱昶基撤兵退出巫灵谷，放无辜的御水族人一条生路。朱昶基的深知这一切灾难都是因自己而起，他唯一能做的便是防止流血事件再次发生。
阎门先祖本就心怀不忍，面对朱昶基这样的恳求，自然更是下不了手了。阎门先祖将情况一五一十报告给皇帝之后，皇帝又一次龙颜大怒。
朱昶基和明高宗兄弟对调身份的事，已经足够让皇帝烦心了，朱昶基竟还是这样不知轻重，身为一国太子，未来的储君，竟做出这样荒唐的事情。朱昶基偶尔让明高宗假扮自己，溜出去玩一圈，这也就罢了，竟是连太子之位和王妃也都拱手相让，怎能不让皇帝闹心。
而今朱昶基顶撞自己，违抗他的旨意不说，竟还帮着御水族人抵御攻击大明的部队，更甚至以死相逼，要挟皇帝不得攻击巫灵谷。皇帝虽然气愤朱昶基的荒唐，可终归虎毒不食子。
在水玲珑立下御水族人永世不得踏入大明国境的毒誓之后，皇帝便以朱昶基失德为借口，顺理成章地下诏废了朱昶基的太子之位，改立了明高宗为太子。
朱昶基不放心皇帝，为保水玲珑的安全和巫灵谷的平静，主动留在了巫灵谷中，留在了水玲珑的身边。这一场风波这才算是有惊无险地度了过去。
听到这里，除了阎清堂意外，沈梦璐，朱鄞祯和阎翀翊三人已经彻底惊呆了。
朱鄞祯做梦也没有想到，原来他们大明皇室和御水族人竟有着这样纠缠不清的恩怨。“慧智大师，按你这样说来，朱昶基根本就没有想要当皇帝，那说他密谋夺嫡又是怎么回事？”
慧智大师望了朱鄞祯一眼，长长地叹息了一声。“阿弥陀佛，冤孽啊！一切都是冤孽啊！”
本来明高宗当上太子，朱昶基随御水族人隐居巫灵谷后，这也算是个皆大欢喜的结局。
然而好景不长，这样的安宁过了不到一年时间，伴随着明高宗妻儿的突然离世而再次被打破了。
原来当初水玲珑对明高宗的妻子和孩子下的蛊毒却是非同一般的，当时一心想要报复朱昶基的水玲珑，同时对明高宗的妻儿下了两种蛊毒。新任巫灵谷主为他们解蛊的时候，只是解了浅表的一种，另一种深藏不露的蛊毒，却被忽略了。
此种蛊毒发作的时候来势汹汹，明高宗写给朱昶基的求助信笺尚未抵达，明高宗的妻儿便一命呜呼了。明高宗悲痛之余，对水玲珑产生了无与伦比的憎恶。
为了给自己的妻儿报仇，明高宗便亲自带队突袭了巫灵谷。皇帝一来痛心皇长孙早夭，二来一心想要拔掉巫灵谷以绝后患，便默认了明高宗的举动。
朱昶基为保水玲珑和巫灵谷周全，不惜亲自率领御水族人与明高宗带领的部队正面交锋大打出手，兄弟最终反目成仇。那一场兄弟恶战，擅用蛊术的御水族人，取得了压倒性的胜利，而明德宗带领的大明军队死伤无数，一度震动朝野，闹得沸沸扬扬。
可天下人只知道明高宗兄弟反目，却鲜少有人知道兄弟争斗的真正原因。为了给天下人一个交代，为了给明高宗死去的妻儿一个交代，皇帝便做出了朱昶基逆谋夺嫡这样的解释。